中文网站
Hvala, ker ste obiskali Nature.com. Uporabljate različico brskalnika z omejeno podporo za CSS. Za najboljšo izkušnjo priporočamo, da uporabite posodobljen brskalnik (ali onemogočite način združljivosti v Internet Explorerju). Poleg tega, da zagotovimo stalno podporo, spletno mesto prikažemo brez slogov in JavaScripta.
Prikaže vrtiljak treh diapozitivov hkrati. Uporabite gumba Prejšnji in Naslednji, da se premikate po treh diapozitivih hkrati, ali pa uporabite gumbe drsnika na koncu, da se premikate skozi tri diapozitive hkrati.
Od izbruha koronavirusne bolezni (COVID-19) leta 2019 so po vsem svetu razvili številne komercialne teste pomnoževanja nukleinske kisline (NAAT), ki so postali standardni testi. Čeprav je bilo več testov hitro razvitih in uporabljenih v laboratorijskih diagnostičnih testih, učinkovitost teh testov ni bila ovrednotena v različnih okoljih. Zato je bila ta študija namenjena oceni učinkovitosti testov Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI in Sansure Biotech z uporabo sestavljenega referenčnega standarda (CRS). Študija je bila izvedena na Etiopskem inštitutu za javno zdravje (EPHI) od 1. do 30. decembra 2020. 164 nazofaringealnih vzorcev je bilo ekstrahiranih z uporabo mini kompleta QIAamp RNA in sistema za pripravo vzorcev DNA Abbott. Od 164 vzorcev je bilo 59,1 % pozitivnih in 40,9 % negativnih na CRS. Pozitivnost Sansure Biotech je bila značilno nizka v primerjavi s CRS (p < 0,05). Pozitivnost Sansure Biotech je bila značilno nizka v primerjavi s CRS (p < 0,05). Dobri rezultati Sansure Biotech so bili bistveno nižji v primerjavi s CRS (p < 0,05). Pozitivni rezultati Sansure Biotech so bili znatno nižji v primerjavi s CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低． (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低． (p < 0,05). U Sansure Biotech je bil bistveno manj pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05). Sansure Biotech je imel bistveno manj pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05).Skupno strinjanje štirih analiz je bilo 96,3–100 % v primerjavi s CRS. Poleg nizke stopnje pozitivnosti testa Sansure Biotech je bila učinkovitost štirih testov skoraj primerljiva. Zato test Sansure Biotech [Research Only (RUO)] zahteva dodatno validacijo za uporabo v Etiopiji. Nazadnje je treba razmisliti o dodatnih raziskavah za oceno testov z ustreznimi trditvami proizvajalca.
Laboratorijsko testiranje je del strateškega načrta Svetovne zdravstvene organizacije (WHO) za pripravljenost in odziv na koronavirus 2019 (COVID-19) (SPRP). WHO svetuje, da morajo države zgraditi laboratorijske zmogljivosti za izboljšanje pripravljenosti, ustreznega vodenja primerov, budnosti in hitrega odzivanja na izzive javnega zdravja. To nakazuje, da je vloga laboratorija ključna za karakterizacijo bolezni in epidemiologije nastajajočih povzročiteljev okužb ter za nadzor njihovega širjenja.
Za diagnozo COVID-19 so potrebni epidemiološki in zdravstveni podatki, osebni simptomi/znaki ter radiografski in laboratorijski podatki2. Odkar so v Wuhanu na Kitajskem poročali o izbruhu COVID-19, so po vsem svetu razvili številne komercialne teste pomnoževanja nukleinske kisline (NAAT). Verižna reakcija s polimerazo v realnem času (rRT-PCR) je bila uporabljena kot rutinska in standardna metoda za laboratorijsko diagnostiko okužbe s hudim akutnim respiratornim sindromom 2 (SARS-CoV-2)3. Molekularno odkrivanje SARS-CoV-2 običajno temelji na genih N (gen za protein nukleokapsida), E (gen za protein ovojnice) in RdRp (gen za polimerazo, odvisen od RNA) v ORF1a/b (odprti bralni okvir 1a/b) . gen) regija, identificirana iz virusnega genoma. Veljajo za glavne ohranjene regije v virusnih genomih za prepoznavanje virusa4. Med temi geni imata gena RdRp in E visoko analitično občutljivost zaznavanja, medtem ko ima gen N nizko analitično občutljivost5.
Učinkovitost testov PCR se lahko razlikuje glede na različne dejavnike, kot so: ekstrakcijski reagenti, reagenti za pomnoževanje/odkrivanje, metoda ekstrakcije, kakovost stroja PCR in drugih instrumentov. Od aprila 2020 je več kot 48 različnih diagnostičnih naprav iz devetih držav prejelo dovoljenje za nujno uporabo (EUA) za diagnostiko COVID-196. V Etiopiji se več kot 14 platform PCR v realnem času uporablja za PCR odkrivanje SARS-CoV-2 v 26 javnih zdravstvenih ustanovah, vključno z ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 in Quant-studio7. Poleg tega so na voljo različni testni kompleti PCR, kot so Daan Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test in SARS-CoV-2 BGI test. Čeprav je rRT-PCR zelo občutljiv, nekateri bolniki s COVID-19 poročajo o lažno negativnih rezultatih zaradi nezadostnih kopij virusne ribonukleinske kisline (RNA) v vzorcih zaradi nepravilnega zbiranja, transporta, shranjevanja in ravnanja ter laboratorijskega testiranja. pogoji in dejanja osebja8. Poleg tega lahko napačno ravnanje z vzorcem ali kontrolo, nastavitev praga cikla (Ct) in navzkrižna reaktivnost z drugimi patogenimi nukleinskimi kislinami ali neaktivno/preostalo RNA SARS-CoV-2 povzročijo lažno pozitivne rezultate pri testih rRT-PCR9. Tako je jasno, da PCR testi res lahko identificirajo nosilce genskih fragmentov, saj ne morejo razlikovati niti med resnično aktivnimi virusnimi geni, zato lahko testi identificirajo le nosilce in ne bolnikov10. Zato je pomembno oceniti diagnostično učinkovitost z uporabo standardnih metod v našem okolju. Čeprav je veliko reagentov NAAT na voljo na Etiopskem inštitutu za javno zdravje (EPHI) in po vsej državi, še ni bilo poročil o primerjalni oceni njihove učinkovitosti. Zato je bil namen te študije oceniti primerjalno učinkovitost komercialno dostopnih kompletov za odkrivanje SARS-CoV-2 z rRT-PCR z uporabo kliničnih vzorcev.
V to študijo je bilo vključenih skupno 164 udeležencev s sumom na COVID-19. Večina vzorcev je bila iz centrov za zdravljenje (118/164 = 72 %), medtem ko je bilo preostalih 46 (28 %) udeležencev iz centrov za nezdravljenje. Med udeleženci, ki niso bili zdravljeni v centru, je imelo 15 (9,1 %) klinično sumljive primere in 31 (18,9 %) stike s potrjenimi primeri. Triindevetdeset (56,7 %) udeležencev je bilo moških, povprečna (± SD) starost udeležencev pa je bila 31,10 (± 11,82) let.
V tej študiji so bile določene pozitivne in negativne stopnje štirih testov na COVID-19. Tako so bile pozitivne stopnje testa Abbott SARS-CoV-2, testa Daan Gene 2019-nCoV, testa SARS-CoV-2 BGI in testa Sansure Biotech 2019-nCoV 59,1 %, 58,5 %, 57,9 % oziroma 55,5 %. . Pozitivni in negativni rezultati sestavljenega referenčnega standarda (CRS) so bili 97 (59,1 %) oziroma 67 (40,9 %) (tabela 1). V tej študiji je definicija CRS temeljila na pravilu »kakršnega koli pozitivnega«, pri čemer so od štirih rezultatov testov dva ali več rezultatov testov, ki so dali enak rezultat, veljala za resnično pozitivne ali negativne.
V tej študiji smo ugotovili 100-odstotno negativno odstotno strinjanje (NPA) v višini 100 % (95-odstotni IZ 94,6–100) za vse analize v primerjavi s CRS. Analiza Sansure Biotechnology je pokazala minimalni PPA 93,8 % (95 % IZ 87,2–97,1), analiza Daan Gene 2019-nCoV pa je imela skupno strinjanje 99,4 % (95 % IZ 96,6–99,9). Nasprotno pa je bilo splošno ujemanje med testom SARS-CoV-2 BGI in testom Sansure Biotech 2019-nCoV 98,8 % oziroma 96,3 % (tabela 2).
Cohenov kappa koeficient ujemanja med rezultati CRS in Abbottovega testa SARS-CoV-2 je bil popolnoma skladen (K = 1,00). Podobno so Cohenove vrednosti kappa, ki so jih zaznali Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI in Sansure Biotech 2019-nCoV, popolnoma skladne s CRS (K ≥ 0,925). V tej primerjalni analizi je test hi-kvadrat (McNemarjev test) pokazal, da se rezultati testa Sansure Biotech 2019-nCoV bistveno razlikujejo od rezultatov CRS (p = 0,031) (tabela 2).
Kot je prikazano na sl.1 je bil odstotek najnižje vrednosti Ct (< 20 Ct) testa Abbott SARS-CoV-2 (kombiniran gen RdRp in N) 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b testa Sansure Biotech 2019-nCoV pa je pokazala, da je odstotek nizkih Vrednost Ct (< 20 Ct) je bila 50,3 % in visoka vrednost Ct (36–40 Ct) je bil 3,2 %. 1 je bil odstotek najnižje vrednosti Ct (< 20 Ct) testa Abbott SARS-CoV-2 (kombiniran gen RdRp in N) 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b testa Sansure Biotech 2019-nCoV pa je pokazala, da je odstotek nizkih Vrednost Ct (< 20 Ct) je bila 50,3 % in visoka vrednost Ct (36–40 Ct) je bil 3,2 %.Kot je prikazano na sl.1, odstotek najmanjšega pomena Ct (< 20 Ct) analiza Abbott SARS-CoV-2 (kombiniran gen RdRp in N) znaša 87,6 %, a vrednost Ct gena ORF1a/b analiza Sansure Biotech 2019-nCoV je pokazala, da je odstotek nizkega pomena Ct (< 20 Ct) sestavlja 50,3 %, a visoko vrednost Ct (36–40 Ct) je bil sestavljen iz 3,2 %. 1 je bil odstotek najnižje vrednosti Ct (< 20 Ct) analize Abbott SARS-CoV-2 (kombiniran gen RdRp in N) 87,6 %, vrednost Ct analize gena ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV pa je pokazala da je odstotek nizke vrednosti Ct (< 20 Ct) predstavljal 50,3 % in visoke vrednosti Ct (36–40 Ct) je predstavljal 3,2 %.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87,6 %，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3 %，高Ct 值(36–40 Ct)的百分比为3,2 %. Kot je prikazano na sliki 1, je najnižji odstotek vrednosti Ct (< 20 Ct) testa Abbott SARS-CoV-2 (kombinacija gena RdRp in N) 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b testa Sansure Biotech 2019-nCoV kaže nizek Ct值(< 20 Ct) 的 odstotek je 50,3 %, Odstotek 高Ct 值(36–40 Ct) 的 je 3,2 %. Kot je prikazano na sliki 1, analiza Abbott SARS-CoV-2 (sestavljeni geni RdRp in N) je imela samo nizko odstotno vrednost Ct (< 20 Ct) v velikosti 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b v raziskavah Sansure Biotech 2019 - Analiza nCoV je pokazala nizek Ct. Kot je prikazano na sliki 1, je imel Abbottov test SARS-CoV-2 (ki združuje gena RdRp in N) najnižjo odstotno vrednost Ct (< 20 Ct) pri 87,6 %, medtem ko je vrednost Ct gena ORF1a/b v Sansure Študija Biotech 2019 – Analiza nCoV je pokazala nizek Ct. Odstotek vrednosti (< 20 Ct) je znašal 50,3 %, delež visoke vrednosti Ct (36–40 Ct) pa 3,2 %. Delež vrednosti (< 20 Ct) je bil 50,3 %, delež visokih vrednosti Ct (36–40 Ct) pa 3,2 %.Abbottov test SARS-CoV-2 B je zabeležil vrednosti Ct nad 30. Po drugi strani pa je imel na testu BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b visoko vrednost Ct (> 36 Ct), odstotek pa je bil 4 % (slika 1). Po drugi strani pa je imel na testu BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b visoko vrednost Ct (> 36 Ct), odstotek pa je bil 4 % (slika 1). Z druge strani je v analizi BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b imelo visoko vrednost Ct (> 36 Ct), katerega delež je sestavljal 4 % (ris. 1). Po drugi strani pa je imel pri analizi BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b visoko vrednost Ct (> 36 Ct), katere odstotek je bil 4 % (slika 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4 %(图1）。 Po drugi strani pa je pri odkrivanju BGI SARS-CoV-2 odstotek gena ORF1a/b z visoko vrednostjo Ct (>36 Ct) 4 % (slika 1). Z druge strani pri analizi BGI SARS-CoV-2 odstotek genov ORF1a/b z visokimi vrednostmi Ct (>36 Ct) je znašal 4 % (ris. 1). Po drugi strani pa je bil v analizi BGI SARS-CoV-2 odstotek genov ORF1a/b z visokimi vrednostmi Ct (>36 Ct) 4 % (slika 1).
V tej raziskavi smo vzeli 164 nazofaringealnih vzorcev. Za vse vrste testov je bila izolacija in pomnoževanje RNK izvedena z uporabo metod in kompletov, ki so jih priporočili ustrezni proizvajalci.
Ta študija je pokazala, da ima Abbottov test za SARS-CoV-2 enako učinkovitost zaznavanja kot CRS, s 100-odstotno pozitivno, negativno in splošno skladnostjo. Cohenov dogovor kappa je 1,00, kar kaže na popolno strinjanje s CRS. Podobna študija Univerze v Washingtonu v ZDA je pokazala, da je bila skupna občutljivost in specifičnost Abbottovega testa za SARS-CoV-2 93 % oziroma 100 % v primerjavi z laboratorijsko določenim testom (LDA) CDC. . 11. Abbottov sistem za odkrivanje SARS-CoV-2 temelji na hkratnem kombiniranem odkrivanju genov N in RdRp, saj sta oba gena bolj občutljiva, kar zmanjšuje lažno negativne rezultate12. Študija na Dunaju v Avstriji je tudi pokazala, da so velike količine ekstrakcijskih vzorcev in količine eluenta za odkrivanje zmanjšale učinke redčenja in povečale učinkovitost odkrivanja13. Tako je Abbottovo popolno ujemanje za test SARS-CoV-2 mogoče povezati s sistemom za odkrivanje platforme, ki hkrati zaznava kombinatorne gene, ekstrahira veliko število vzorcev (0,5 ml) in uporablja veliko količino eluenta (40 µl).
Naši rezultati so tudi pokazali, da je bila učinkovitost odkrivanja genetskega testa Daan skoraj enaka kot pri CRS. To je v skladu s študijo14, izvedeno na Univerzi Anhui v Huainanu na Kitajskem, in trditvijo proizvajalca o 100-odstotnem pozitivnem strinjanju. Kljub poročilom o doslednih rezultatih je bil en vzorec lažno negativen po ponovnem testiranju istega eluata, vendar je bil pozitiven v testih Abbott SARS-CoV-2 in Sansure Biotech nCoV-2019. To nakazuje, da lahko pride do spremenljivosti rezultatov pri različnih vrstah testov. Kljub temu je bil v študiji, izvedeni na Kitajskem15, rezultat testa gena Daan bistveno drugačen (p < 0,05) v primerjavi z njihovim laboratorijsko določenim referenčnim testom. Kljub temu je bil v študiji, izvedeni na Kitajskem15, rezultat testa gena Daan bistveno drugačen (p < 0,05) v primerjavi z njihovim laboratorijsko določenim referenčnim testom. Ne manj kot v raziskavi, izvedeni v Kitajski15, se je rezultat analize Daan Gene močno razlikoval (p < 0,05) od njihove laboratorijske etalonalne analize. Vendar pa je bil v študiji na Kitajskem15 rezultat analize Daan Gene pomembno drugačen (p < 0,05) od njihove laboratorijske referenčne analize.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异＂(p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Vendar pa so bili v raziskavi, izvedeni v Kitajski15, rezultati genetskega testa Daan precej odlični (p <0,05) v primerjavi z njegovim talonnim laboratorijskim testom. Vendar pa so bili v študiji na Kitajskem15 rezultati Daanovega genetskega testa bistveno drugačni (p < 0,05) v primerjavi z referenčnim laboratorijskim testom.To neskladje je lahko posledica občutljivosti referenčnega testa za odkrivanje SARS-CoV-2, nadaljnje študije pa so lahko pomembne za določitev vzroka.
Poleg tega je naša študija ovrednotila primerjalno učinkovitost BGI testa SARS-CoV-2 s CRS, ki je pokazala odlično pozitivno odstotno strinjanje (PPA = 97,9 %), negativno odstotno strinjanje (NPA = 100 %) in splošno odstotno strinjanje glede na spol ( OPA). ). = 98,8 %). Cohenove vrednosti Kappa so pokazale dobro ujemanje (K = 0,975). Študije na Nizozemskem16 in Kitajskem15 so pokazale dosledne rezultate. Test SARS-CoV-2 BGI je test za odkrivanje enega gena (ORF1a/b) z uporabo 10 µl eluata za pomnoževanje/odkrivanje. Kljub dobremu statističnemu ujemanju z našimi referenčnimi rezultati je analiza zgrešila dva pozitivna vzorca (1,22 %) celotnega vzorca. To ima lahko velike klinične posledice za dinamiko prenosa tako na ravni bolnika kot skupnosti.
Druga primerjalna analiza, vključena v to študijo, je bil test Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); skupni odstotek ujemanja je bil 96,3 %. Moč strinjanja je bila določena tudi z vrednostjo Cohen's Kappa, ki je bila 0,925, kar kaže na popolno strinjanje s CRS. Naši rezultati so spet enaki študijam, izvedenim na Central South University v Changsha na Kitajskem in na oddelku za klinični laboratorij ljudske bolnišnice Liuzhou v mestu Liuzhou na Kitajskem17. Čeprav je bila zabeležena zgornja dobra statistična skladnost, je hi-kvadrat test (MacNemarjev test) pokazal, da se je rezultat testa Sansure Biotech statistično pomembno razlikoval v primerjavi s CRS (p < 0,005). Čeprav je bila zabeležena zgornja dobra statistična skladnost, je hi-kvadrat test (MacNemarjev test) pokazal, da se je rezultat testa Sansure Biotech statistično pomembno razlikoval v primerjavi s CRS (p < 0,005). Ne glede na to, da je bilo zagotovljeno navedeno zgoraj dobro statistično skladnost, je merilo hi-kvadrat (merilo Maknemara) pokazalo, da ima rezultat analize Sansure Biotech statistično pomembno razliko v primerjavi s CRS (p < 0,005). Čeprav je bilo zgoraj zabeleženo dobro statistično ujemanje, je test hi-kvadrat (McNemarjev test) pokazal, da je imel rezultat testa Sansure Biotech statistično pomembno razliko v primerjavi s CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（(MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异 (p < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果与 crs 相比 具有 显着 （（(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。))）) Ne glede na to, da je navedeno visoko statistično ustrezno, je merilo hi-kvadrat (merilo Maknemara) pokazalo statistično pomembno razliko (p < 0,005) med analizo Sansure Biotech in CRS. Kljub zgoraj navedenemu dobremu statističnemu ujemanju je test hi-kvadrat (McNemarjev test) pokazal statistično pomembno razliko (p < 0,005) med testom Sansure Biotech in CRS.Za šest vzorcev (3,66 %) je bilo ugotovljeno, da so lažno negativni v primerjavi s CRS (dodatna tabela 1); to je zelo pomembno, še posebej glede na dinamiko prenosa virusa. Tudi zgornji podatki podpirajo to nizko stopnjo odkrivanja15.
V tej študiji so bile vrednosti Ct določene za vsak test in posamezno platformo, pri čemer je bila najnižja povprečna vrednost Ct navedena v testu Abbott SARS-CoV-2. Ta rezultat je lahko povezan z Abbottovim sočasnim sistemom kombiniranega genetskega testiranja za odkrivanje SARS-CoV-2. Zato je glede na sliko 1 imelo 87,6 % rezultatov Abbott SARS-CoV-2 vrednosti Ct pod 20. Le majhno število rezultatov vzorcev (12,4 %) je bilo v območju 20–30. Vrednosti Ct nad 30 niso bile zabeležene. Poleg tega, da Abbott uporablja obliko panelnega genetskega testiranja SARS-CoV-2, je ta rezultat lahko povezan z spodnjo mejo zaznavanja (32,5 kopij RNA/ml)18, ki je trikrat nižja od spodnje meje podjetja, ki znaša 100 kopij RNA. / ml. ml) 19.
Ta študija ima nekaj omejitev: prvič, zaradi pomanjkanja sredstev nimamo standardnih/referenčnih metod [kot so virusna obremenitev ali drugi laboratorijski testi (LDA)]. Drugič, vsi vzorci, uporabljeni v tej študiji, so bili nazofaringealni brisi, medtem ko rezultati niso bili uporabni za druge vrste vzorcev, in tretjič, velikost našega vzorca je bila majhna.
Ta študija je primerjala učinkovitost štirih rRT-PCR testov za SARS-CoV-2 z uporabo nazofaringealnih vzorcev. Vsi testi odkrivanja so imeli skoraj primerljivo učinkovitost, z izjemo testa Sansure Biotech. Poleg tega je bila ugotovljena nizka stopnja pozitivnosti v testu Sansure Biotech v primerjavi s CRS (p < 0,05). Poleg tega je bila ugotovljena nizka stopnja pozitivnosti v testu Sansure Biotech v primerjavi s CRS (p < 0,05). Poleg tega je bil v testu Sansure Biotech ugotovljen nizek odstotek pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05). Poleg tega je test Sansure Biotech pokazal nizek odstotek pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Poleg tega je analiza Sansure Biotech imela nizko raven pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05). Poleg tega je imel test Sansure Biotech nižjo stopnjo pozitivnosti v primerjavi s CRS (p < 0,05).Analiza Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA in splošnega soglasja je presegla 93,5 % z vrednostjo trdnosti soglasja Cohen Kappa 0,925. Nazadnje, Sansure Biotech Assay (RUO) potrebuje nadaljnjo validacijo za uporabo v Etiopiji, razmisliti pa je treba o dodatnih raziskavah za oceno trditev posameznih proizvajalcev.
Zasnova primerjalne študije je bila izvedena v štirih zdravstvenih ustanovah v Adis Abebi, bolnišnici Eka Kotebe, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital in St. Peter's Specialist Hospital za tuberkulozo. Podatki so bili zbrani med 1. in 31. decembrom 2020. Zdravstvene ustanove za to študijo so bile namenoma izbrane na podlagi velikega števila primerov in razpoložljivosti večjih centrov za zdravljenje v mestu. Podobno so bili instrumenti, vključno z instrumentoma PCR v realnem času ABI 7500 in Abbott m2000, izbrani v skladu s priporočili proizvajalcev reagentov NAAT, za to študijo pa so bili izbrani štirje kompleti za odkrivanje PCR, saj je večina laboratorijev v Etiopiji uporabljala vsaj vsaj štirje izmed njih. Genski test, Abbottov test SARS-CoV-2, test Sansure Biotech in test SARS-CoV-2 BGI, opravljen med študijo).
Testiranje na SARS-CoV-2 je bilo opravljeno od 1. do 30. decembra 2020 z uporabo 3 ml virusnega transportnega medija (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kitajska) pri posameznikih, ki so jih preiskovali za COVID-19 in so bili napoteni na EPHI. Nazofaringealne vzorce so zbrali usposobljeni zbiralci vzorcev in poslali na EPHI v trojnih paketih. Pred izolacijo nukleinske kisline se vsakemu vzorcu dodeli edinstvena identifikacijska številka. Ekstrakcija se izvede iz vsakega vzorca takoj po prihodu z uporabo ročne in avtomatske metode ekstrakcije. Tako je bilo za avtomatsko ekstrakcijo Abbott m2000 iz vsakega vzorca ekstrahirano 1,3 ml (vključno z 0,8 ml mrtve prostornine in 0,5 ml vstopne prostornine ekstrakcije) in šlo skozi sistem za pripravo vzorcev Abbott DNA (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ZDA). ) Serija 96 [92 vzorcev, dve kontroli za odkrivanje in dve kontroli brez predloge (NTC)] je bila vključena v celoten postopek (pridobivanje in odkrivanje) dveh krogov SARS-CoV-2 (EUA) v realnem času. rudarstvo. Podobno za ročno ekstrakcijo uporabite iste vzorce (za samodejno ekstrakcijo in odkrivanje). Tako je bilo v celotnem procesu alikvotiranih 140 µl vzorcev in ekstrahiranih z uporabo QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Nemčija) v serijah po 24 (vključno z 20 vzorci, dvema kontrolnima testoma in dvema NTC) v devetih krogih. Ročno ekstrahirane eluate smo pomnožili in zaznali s termičnim ciklerjem ABI 7500 z uporabo testa SARS-CoV-2 BGI, testa Daan Gene in testa Sansure Biotech.
Avtomatizirana izolacija in čiščenje virusne RNA SARS-CoV-2 sledi principu magnetnih kroglic z uporabo reagentov za pripravo vzorcev DNA družbe Abbott. Inaktivacijo vzorcev in solubilizacijo virusnih delcev izvedemo z uporabo detergenta, ki vsebuje gvanidin izotiocianat, da denaturiramo protein in inaktiviramo RNazo. RNA se nato loči od proteina z ločevanjem trdne faze z uporabo silicijevega dioksida, tj. gvanidinijeva sol in alkalni pH liznega pufra spodbujata vezavo nukleinskih kislin na silicijev dioksid (SiO2). Stopnja izpiranja odstrani preostale beljakovine in ostanke, da nastane bistra raztopina. Prozorna RNA je izolirana iz mikrodelcev na osnovi silicijevega dioksida z uporabo magnetnega polja instrumenta20,21. Po drugi strani pa ročno izolacijo in čiščenje RNA izvedemo po metodi spin kolone z uporabo centrifugiranja namesto magnetnega stojala in ločevanja mikrodelcev od eluenta.
Abbottov test za odkrivanje SARS-CoV-2 v realnem času (Abbott Molecular, Inc.) je bil izveden v skladu z navodili proizvajalca, ki je prejel EUA19,22 od WHO in FDA. V tem protokolu je bila inaktivacija vzorca pred ekstrakcijo izvedena v vodni kopeli pri 56 °C 30 minut. Po inaktivaciji virusa smo izvedli ekstrakcijo nukleinske kisline na instrumentu Abbott m2000 SP iz 0,5 ml VTM z uporabo sistema za pripravo vzorcev DNA Abbott m2000. glede na proizvajalca. Pomnoževanje in detekcijo smo izvedli z uporabo instrumenta Abbott m2000 RT-PCR, dvojno detekcijo pa smo izvedli za gena RdRp in N. ROX) in VIC P (zaščiteno barvilo) za ciljanje in zaznavanje notranjih kontrol, kar omogoča sočasno zaznavanje obeh produktov pomnoževanja 19 .
Metoda zaznavanja pomnoževanja tega kompleta temelji na enostopenjski tehnologiji RT-PCR. Geni ORF1a/b in N so bili izbrani kot ohranjene regije z gensko tehnologijo Daan za odkrivanje pomnoževanja ciljne regije. Specifični primerji in fluorescentne sonde (genske sonde N, označene s FAM, sonde ORF1a/b, označene z VIC) so bile zasnovane za odkrivanje RNA SARS-CoV-2 v vzorcih. Končni eluent in glavne mešanice smo pripravili z dodajanjem 5 µl eluenta k 20 µl glavne mešanice do končnega volumna 25 µl. Pomnoževanje in detekcija sta bila izvedena hkrati na instrumentu PCR v realnem času ABI 750024.
Gene ORF1a/b in N smo odkrili z diagnostičnim kompletom za nukleinske kisline Sansure Biotech nCoV-2019 (fluorescentna detekcija PCR). Pripravite specifične sonde za vsak ciljni gen tako, da izberete kanal FAM za regijo ORF1a/b in kanal ROX za gen N. Temu kompletu za analizo dodamo eluent in reagente glavne mešanice, kot sledi: pripravite 30 µl reagenta glavne mešanice in 20 µl eluiranega vzorca za detekcijo/pomnoževanje. Za pomnoževanje/odkrivanje je bil uporabljen PCR v realnem času ABI 750025.
Test SARS-CoV-2 BGI je fluorescenčni komplet rRT-PCR v realnem času za diagnozo COVID-19. Ciljna regija se nahaja v regiji ORF1a/b genoma SARS-CoV-2, kar je metoda za odkrivanje enega gena. Poleg tega je človeški gospodinjski gen β-aktin interno reguliran ciljni gen. Glavna mešanica se pripravi z mešanjem 20 µl reagenta glavne mešanice in 10 µl ekstrahiranega vzorca RNA v plošči z vdolbinicami26. Za pomnoževanje in detekcijo je bil uporabljen fluorescentni kvantitativni PCR instrument ABI 7500 v realnem času. Vse pomnoževanje nukleinske kisline, pogoji izvajanja PCR za vsak test in interpretacija rezultatov so bili izvedeni v skladu z navodili ustreznega proizvajalca (tabela 3).
V tej primerjalni analizi nismo uporabili metode referenčnega standarda za določitev odstotnega ujemanja (pozitivnega, negativnega in splošnega) in drugih primerjalnih parametrov za štiri analize. Vsaka testna primerjava je bila opravljena s CRS, v tej študiji je bil CRS določen s pravilom "vse pozitivno" in rezultat je bil določen, ne z enim samim testom, uporabili smo vsaj dva ujemajoča se rezultata testa. Poleg tega so v primeru prenosa COVID-19 lažno negativni rezultati bolj nevarni kot lažno pozitivni rezultati. Zato morata biti vsaj dva pozitivna testa, kar pomeni, da bo vsaj en pozitiven rezultat verjetno izhajal iz testa EUA, če želimo čim bolj natančno reči "pozitiven" na podlagi rezultata CRS. Tako se od štirih rezultatov testiranja dva ali več rezultatov testiranja, ki dajejo enak rezultat, štejeta za resnično pozitivna ali negativna18,27.
Podatki so bili zbrani s pomočjo strukturiranih obrazcev za ekstrakcijo podatkov, vnos in analiza podatkov sta bila izvedena s pomočjo statistične programske opreme Excel in SPSS različice 23.0 za opisno statistiko. Analizirani so bili pozitivni, negativni in splošni odstotek ujemanja, za določitev stopnje ujemanja vsake metode s CRS pa je bil uporabljen rezultat Kappa. Kappa vrednosti se razlagajo na naslednji način: 0,01 do 0,20 za blago strinjanje, 0,21 do 0,40 za splošno strinjanje, 0,41-0,60 za zmerno strinjanje, 0,61-0,80 za večje strinjanje in 0,81-0,99 za popolno strinjanje28.
Univerza v Adis Abebi je pridobila etično dovoljenje in vse eksperimentalne protokole za to študijo je odobril Odbor za znanstveno etiko Etiopskega inštituta za javno zdravje. Referenčna številka licence EPHI za etiko je EPHI/IRB-279-2020. Vse metode so bile uporabljene v skladu s priporočili in določbami Etiopskih nacionalnih celovitih smernic za zdravljenje COVID-19. Poleg tega so vsi udeleženci študije pred sodelovanjem v študiji pridobili pisno informirano soglasje.
Vsi podatki, pridobljeni ali analizirani v tej študiji, so vključeni v ta objavljeni članek. Podatki, ki podpirajo rezultate te študije, so na voljo pri ustreznem avtorju na razumno zahtevo.
Svetovna zdravstvena organizacija. Priporočila za strategije laboratorijskega testiranja za COVID-19: Začasne smernice, 21. marec 2020 št. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Pametna diagnoza COVID-19 na oddelku za nujne primere: All-in v praksi. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Pametna diagnoza COVID-19 na oddelku za nujne primere: All-in v praksi.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. in Gurgulianis, KI Inteligentna diagnoza COVID-19 na urgentnem oddelku: vse v praksi.Muliou DS, Pantazopoulos I. in Gurgulyanis KI Inteligentna diagnoza COVID-19 na urgentnih oddelkih: integracija od konca do konca v praksi. Strokovnjak Reverend Respire. zdravilo. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Ocena testa COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Ocena testa COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL in St. George, K. Ocena testa COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL in St. George K. Ocena testa COVID19 ID NOW EUA. J. Klinični. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratorijsko odkrivanje koronavirusne bolezni 2019 (COVID-19) pri sumu na bolezen pri ljudeh. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (dostopano 15. avgusta 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnoza COVID-19: bolezni in orodja za testiranje. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Ustanovitev kolegija patologov vzhodne, srednje in južne Afrike – regionalne šole za patologijo Bližnjega vzhoda in Južne Afrike. Afrika. J. Lab. zdravilo. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopski inštitut za javno zdravje, Zvezno ministrstvo za zdravje. Začasna nacionalna strategija in smernice za laboratorijsko diagnostiko COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (dostopano 12. avgusta 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Lažni negativni testi za okužbo s SARS-CoV-2, izzivi in posledice. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Lažni negativni testi za okužbo s SARS-CoV-2, izzivi in posledice.Voloshin S., Patel N. in Kesselheim AS Lažno negativni testi za okužbe s SARS-CoV-2 in njihove posledice.Voloshin S., Patel N. in Kesselheim AS Lažno negativni testi za provokacijo in vpliv okužbe s SARS-CoV-2. N. inž. J. Medicina. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Lažno pozitivni in lažno negativni primeri COVID-19: strategije za preprečevanje in obvladovanje dihal, cepljenje in nadaljnje perspektive. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Lažno pozitivni in lažno negativni primeri COVID-19: strategije za preprečevanje in obvladovanje dihal, cepljenje in nadaljnje perspektive. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. Ložno pozitivni in hudo negativni primeri COVID-19: respiratorna profilaktična in strategija zdravljenja, cepivo in nadaljnje perspektive. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Lažno pozitivni in lažno negativni primeri COVID-19: strategije za preprečevanje in zdravljenje dihal, cepljenje in pot naprej.Muliu, DS in Gurgulianis, KI Lažno pozitivni in lažno negativni primeri COVID-19: strategije za preprečevanje in zdravljenje dihal, cepljenje in pot naprej. Strokovnjak Reverend Respire. zdravilo. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na oddelku za nujne primere: videti drevo, a izgubiti gozd. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na oddelku za nujne primere: videti drevo, a izgubiti gozd.Mouliou, DS, Ioannis, P. in Konstantinos, G. COVID-19 Diagnosis in Emergency Department: See the Tree, Lose the Forest.Muliou DS, Ioannis P. in Konstantinos G. COVID-19 Diagnoza v sobah za nujne primere: Ni dovolj gozda za drevesa. Pojavi se. zdravilo. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validacija in validacija analitične in klinične učinkovitosti Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Klinični. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Primerjava petih primerjev iz različnih regij genoma COVID-19 za odkrivanje okužbe z virusom s konvencionalno RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Primerjava petih primerjev iz različnih regij genoma COVID-19 za odkrivanje okužbe z virusom s konvencionalno RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. in Aflatunyan, B. Primerjava petih nizov primerjev iz različnih regij genoma COVID-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalno RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Primerjava 5 različnih genetskih regij COVID-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalno RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. in Aflatunyan B. Primerjava petih sklopov primerjev iz različnih regij genoma COVID-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalno RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologija. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Preliminarni rezultati državnega programa zunanje presoje kakovosti za detekcijo zaporedij genoma SARS-CoV-2. J. Klinični. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analitična ocena učinkovitosti petih kompletov RT-PCR za resen akutni respiratorni sindrom Coronavirus 2. J. Clinical. laboratorij. anus. 35 (1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Vrednotenje sedmih komercialno dostopnih kompletov za odkrivanje RNA SARS-CoV-2 na Kitajskem na podlagi verižne reakcije s polimerazo (PCR) v realnem času. klinični. Kemični. laboratorij. zdravilo. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Primerjava sedmih komercialnih diagnostičnih kompletov RT-PCR za COVID-19. J. Klinični. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Primerjava diagnostične učinkovitosti dveh kompletov PCR za odkrivanje nukleinskih kislin SARS-CoV-2. J. Klinični. laboratorij. anus. 34 (10), e23554 (2020).
Lefart, PR, itd. Primerjalna študija štirih platform SARS-CoV-2 za testiranje pomnoževanja nukleinske kisline (NAAT) je pokazala, da je bila zmogljivost ID NOW znatno poslabšana glede na bolnika in vrsto vzorca. diagnoza. mikrobiologija. Okužiti. dis. 99 (1), 115200 (2021).
Abbottova molekula. Abbottov vložek za analizo SARS-CoV-2 v realnem času. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (od 10. avgusta 2020) (2020).
Klein, S. et al. Izolacija RNA SARS-CoV-2 z uporabo magnetnih kroglic za hitro obsežno odkrivanje z RT-qPCR in RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).
Čas objave: 8. december 2022
Nastavitve zasebnosti