中文网站
Hvala, ker ste obiskali Nature.com. Uporabljate različico brskalnika z omejeno podporo za CSS. Za najboljšo izkušnjo priporočamo uporabo posodobljenega brskalnika (ali onemogočanje načina združljivosti v Internet Explorerju). Poleg tega za zagotovitev stalne podpore spletno mesto prikazujemo brez slogov in JavaScripta.
Prikaže vrtiljak treh diapozitivov hkrati. Za premikanje med tremi diapozitivi hkrati uporabite gumba Prejšnji in Naslednji ali pa drsnike na koncu za premikanje med tremi diapozitivi hkrati.
Od izbruha koronavirusne bolezni (COVID-19) leta 2019 je bilo po vsem svetu razvitih veliko komercialnih testov amplifikacije nukleinskih kislin (NAAT), ki so postali standardni testi. Čeprav je bilo več testov hitro razvitih in uporabljenih v laboratorijskih diagnostičnih testih, njihova učinkovitost še ni bila ocenjena v različnih okoljih. Zato je bil cilj te študije oceniti učinkovitost testov Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI in Sansure Biotech z uporabo sestavljenega referenčnega standarda (CRS). Študija je bila izvedena na Etiopskem inštitutu za javno zdravje (EPHI) od 1. do 30. decembra 2020. Z uporabo mini kompleta QIAamp RNA in sistema za pripravo vzorcev Abbott DNA je bilo odvzetih 164 vzorcev nazofarinksa. Od 164 vzorcev je bilo 59,1 % pozitivnih in 40,9 % negativnih za CRS. Pozitivna reakcija pri Sansure Biotech je bila v primerjavi s CRS bistveno nižja (p < 0,05). Pozitivna reakcija pri Sansure Biotech je bila v primerjavi s CRS bistveno nižja (p < 0,05). Dobri rezultati Sansure Biotech so bili bistveno nižji v primerjavi s CRS (p < 0,05). Pozitivni rezultati podjetja Sansure Biotech so bili bistveno nižji v primerjavi s CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低． (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低． (p < 0,05). U Sansure Biotech je bil bistveno manj pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05). Sansure Biotech je imel bistveno manj pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05).Skupno ujemanje štirih analiz je bilo 96,3–100 % v primerjavi s CRS. Poleg nizke stopnje pozitivnosti testa Sansure Biotech je bila učinkovitost štirih testov skoraj primerljiva. Zato test Sansure Biotech [samo za raziskave (RUO)] zahteva dodatno validacijo za njegovo uporabo v Etiopiji. Nazadnje je treba razmisliti o dodatnih raziskavah za oceno testov z ustreznimi trditvami proizvajalca.
Laboratorijsko testiranje je del strateškega načrta Svetovne zdravstvene organizacije (SZO) za pripravljenost in odziv na koronavirusno bolezen 2019 (COVID-19) (SPRP). SZO svetuje, da morajo države zgraditi laboratorijske zmogljivosti za izboljšanje pripravljenosti, ustreznega vodenja primerov, budnosti in hitrega odzivanja na izzive javnega zdravja. To kaže, da je vloga laboratorija ključna za karakterizacijo bolezni in epidemiologijo novih povzročiteljev okužb ter nadzor njihovega širjenja.
Za diagnozo COVID-19 so potrebni epidemiološki in medicinski podatki, osebni simptomi/znaki ter radiografski in laboratorijski podatki2. Odkar so v Wuhanu na Kitajskem poročali o izbruhu COVID-19, so po vsem svetu razvili številne komercialne teste amplifikacije nukleinskih kislin (NAAT). Verižna reakcija s polimerazo v realnem času z reverzno transkripcijo (rRT-PCR) se uporablja kot rutinska in standardna metoda za laboratorijsko diagnozo okužbe s hudim akutnim respiratornim sindromom 2 (SARS-CoV-2)3. Molekularno odkrivanje SARS-CoV-2 običajno temelji na genih N (gen za nukleokapsidne beljakovine), E (gen za ovojnične beljakovine) in RdRp (gen za RNA-odvisne RNA polimeraze) v regiji ORF1a/b (gen za odprti bralni okvir 1a/b), identificirani iz virusnega genoma. Veljajo za glavni ohranjeni regiji, ki ju najdemo v virusnih genomih za prepoznavanje virusov4. Med temi geni imata gena RdRp in E visoko analitično občutljivost odkrivanja, medtem ko ima gen N nizko analitično občutljivost5.
Učinkovitost PCR testov se lahko razlikuje glede na različne dejavnike, kot so: ekstrakcijski reagenti, reagenti za amplifikacijo/detekcijo, metoda ekstrakcije, kakovost PCR naprave in drugih instrumentov. Od aprila 2020 je več kot 48 različnih diagnostičnih naprav iz devetih držav prejelo dovoljenje za uporabo v nujnih primerih (EUA) za diagnostiko COVID-196. V Etiopiji se za PCR odkrivanje SARS-CoV-2 v 26 javnih zdravstvenih ustanovah uporablja več kot 14 platform za PCR v realnem času, vključno z ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 in Quant-studio7. Poleg tega so na voljo različni kompleti za PCR teste, kot so Daan Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test in SARS-CoV-2 BGI test. Čeprav je rRT-PCR zelo občutljiv, nekateri bolniki s COVID-19 poročajo o lažno negativnih rezultatih zaradi nezadostnih kopij virusne ribonukleinske kisline (RNA) v vzorcih zaradi nepravilnega odvzema, transporta, shranjevanja in ravnanja ter laboratorijskega testiranja. Poleg tega lahko napačno ravnanje z vzorcem ali kontrolo, nastavitev praga cikla (Ct) in navzkrižna reaktivnost z drugimi patogenimi nukleinskimi kislinami ali neaktivno/preostalo RNA SARS-CoV-2 povzročijo lažno pozitivne rezultate v testih rRT-PCR9. Tako je jasno, da lahko testi PCR dejansko identificirajo nosilce genskih fragmentov, saj ne morejo razlikovati niti med resnično aktivnimi virusnimi geni, zato lahko testi identificirajo le nosilce in ne bolnikov10. Zato je pomembno, da se diagnostična učinkovitost v našem okolju oceni z uporabo standardnih metod. Čeprav je na Etiopskem inštitutu za javno zdravje (EPHI) in po vsej državi na voljo veliko reagentov NAAT, še ni bilo objavljenih primerjalnih ocen njihove učinkovitosti. Zato je bil cilj te študije oceniti primerjalno učinkovitost komercialno dostopnih kompletov za odkrivanje SARS-CoV-2 z rRT-PCR z uporabo kliničnih vzorcev.
V to študijo je bilo vključenih skupno 164 udeležencev s sumom na COVID-19. Večina vzorcev je bila iz centrov za zdravljenje (118/164 = 72 %), preostalih 46 (28 %) udeležencev pa iz centrov, ki niso bili zdravljeni. Med udeleženci, ki niso bili zdravljeni v centru, jih je imelo 15 (9,1 %) klinično sumljive primere, 31 (18,9 %) pa je imelo stike s potrjenimi primeri. Triindevetdeset (56,7 %) udeležencev je bilo moških, povprečna starost (± SD) udeležencev pa je bila 31,10 (± 11,82) let.
V tej študiji so bile določene stopnje pozitivnih in negativnih rezultatov štirih testov za COVID-19. Tako so bile stopnje pozitivnih rezultatov testa Abbott SARS-CoV-2, testa Daan Gene 2019-nCoV, testa SARS-CoV-2 BGI in testa Sansure Biotech 2019-nCoV 59,1 %, 58,5 %, 57,9 % oziroma 55,5 %. Rezultati pozitivnega in negativnega sestavljenega referenčnega standarda (CRS) so bili 97 (59,1 %) oziroma 67 (40,9 %) (tabela 1). V tej študiji je bila definicija CRS zasnovana na pravilu »vsakega pozitivnega«, pri čemer sta bila od štirih rezultatov testov dva ali več rezultatov testov, ki so dali enak rezultat, obravnavana kot resnično pozitivna ali negativna.
V tej študiji smo ugotovili negativno odstotno ujemanje (NPA) 100 % (95 % IZ 94,6–100) za vse analize v primerjavi s CRS. Analiza Sansure Biotechnology je pokazala minimalni PPA 93,8 % (95 % IZ 87,2–97,1), analiza Daan Gene 2019-nCoV pa je imela skupno ujemanje 99,4 % (95 % IZ 96,6–99,9). Nasprotno pa je bilo skupno ujemanje med testom SARS-CoV-2 BGI in testom Sansure Biotech 2019-nCoV 98,8 % oziroma 96,3 % (tabela 2).
Cohenov koeficient ujemanja kappa med rezultati CRS in Abbott SARS-CoV-2 testa je bil popolnoma skladen (K = 1,00). Podobno so Cohenove vrednosti kappa, zaznane z Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI in Sansure Biotech 2019-nCoV, prav tako popolnoma skladne s CRS (K ≥ 0,925). V tej primerjalni analizi je hi-kvadrat test (McNemarjev test) pokazal, da so se rezultati testa Sansure Biotech 2019-nCoV bistveno razlikovali od rezultatov CRS (p = 0,031) (tabela 2).
Kot je prikazano na sliki.1. odstotek najnižje vrednosti Ct (< 20 Ct) testa Abbott SARS-CoV-2 (kombinirani gen RdRp in N) je bil 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b testa Sansure Biotech 2019-nCoV pa je pokazala, da je bil odstotek nizke vrednosti Ct (< 20 Ct) 50,3 %, visoke vrednosti Ct (36–40 Ct) pa 3,2 %. 1. odstotek najnižje vrednosti Ct (< 20 Ct) testa Abbott SARS-CoV-2 (kombinirani gen RdRp in N) je bil 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b testa Sansure Biotech 2019-nCoV pa je pokazala, da je bil odstotek nizke vrednosti Ct (< 20 Ct) 50,3 %, visoke vrednosti Ct (36–40 Ct) pa 3,2 %.Kot je prikazano na sliki.1, odstotek najmanjše vrednosti Ct (< 20 Ct) analiza Abbott SARS-CoV-2 (kombiniran gen RdRp in N) je znašal 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b analiza Sansure Biotech 2019-nCoV je pokazala, da je odstotek nizke vrednosti Ct (< 20 Ct) znašal 50,3 %, visoko vrednost Ct (36–40). Ct) je sestavljalo 3,2 %. Kot je prikazano na sliki 1, je bil odstotek analize najnižje vrednosti Ct (< 20 Ct) virusa Abbott SARS-CoV-2 (kombinirani gen RdRp in N) 87,6 %, analiza vrednosti Ct gena ORF1a/b virusa Sansure Biotech 2019-nCoV pa je pokazala, da je odstotek nizke vrednosti Ct (< 20 Ct) predstavljal 50,3 %, visoke vrednosti Ct (36–40 Ct) pa 3,2 %.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87,6 %，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3 %，高Ct 值(36–40 Ct)的百分比为3,2 %. Kot je prikazano na sliki 1, je najnižji odstotek vrednosti Ct (< 20 Ct) testa Abbott SARS-CoV-2 (kombinacija gena RdRp in N) 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b testa Sansure Biotech 2019-nCoV kaže nizek odstotek Ct值(< 20 Ct) 50,3 %, odstotek 高Ct值(36–40 Ct) pa 3,2 %. Kot je prikazano na sliki 1, je analiza Abbott SARS-CoV-2 (izdelava genov RdRp in N) imela samo nizko odstotno vrednost Ct (< 20 Ct) v velikosti 87,6 %, vrednost Ct gena ORF1a/b v raziskavi Sansure Biotech 2019 – Analiza nCoV je pokazala nizek Ct. Kot je prikazano na sliki 1, je imel test Abbott SARS-CoV-2 (ki združuje gena RdRp in N) najnižjo odstotno vrednost Ct (< 20 Ct) pri 87,6 %, medtem ko je vrednost Ct gena ORF1a/b v študiji Sansure Biotech 2019 – Analiza nCoV je pokazala nizko vrednost Ct. Odstotek vrednosti (< 20 Ct) je znašal 50,3 %, delež visoke vrednosti Ct (36–40 Ct) pa 3,2 %. Odstotek vrednosti (< 20 Ct) je bil 50,3 %, odstotek visokih vrednosti Ct (36–40 Ct) pa 3,2 %.Test Abbott SARS-CoV-2 B je zabeležil vrednosti Ct nad 30. Po drugi strani pa je imel gen ORF1a/b v testu BGI SARS-CoV-2 visoko vrednost Ct (> 36 Ct), odstotek pa je bil 4 % (slika 1). Po drugi strani pa je imel gen ORF1a/b v testu BGI SARS-CoV-2 visoko vrednost Ct (> 36 Ct), odstotek pa je bil 4 % (slika 1). Z druge strani je v analizi BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b imelo visoko vrednost Ct (> 36 Ct), katerega delež je sestavljal 4 % (ris. 1). Po drugi strani pa je imel gen ORF1a/b virusa SARS-CoV-2 v analizi BGI visoko vrednost Ct (> 36 Ct), katere odstotek je bil 4 % (slika 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4 %(图1）。 Po drugi strani pa je pri detekciji SARS-CoV-2 z BGI odstotek gena ORF1a/b z visoko vrednostjo Ct (> 36 Ct) 4 % (slika 1). Z druge strani pri analizi BGI SARS-CoV-2 odstotek genov ORF1a/b z visokimi vrednostmi Ct (>36 Ct) je znašal 4 % (ris. 1). Po drugi strani pa je bil v analizi BGI SARS-CoV-2 odstotek genov ORF1a/b z visokimi vrednostmi Ct (>36 Ct) 4 % (slika 1).
V tej študiji smo odvzeli 164 vzorcev iz nosno-žrelnega prostora. Pri vseh vrstah testov smo izolacijo in amplifikacijo RNA izvedli z metodami in kompleti, ki jih priporočajo ustrezni proizvajalci.
Ta študija je pokazala, da ima Abbottov test za SARS-CoV-2 enako učinkovitost zaznavanja kot CRS, s 100 % pozitivnim, negativnim in splošnim ujemanjem. Cohenovo kappa ujemanje je 1,00, kar kaže na popolno ujemanje s CRS. Podobna študija Univerze v Washingtonu v ZDA je pokazala, da je bila splošna občutljivost in specifičnost Abbottovega testa za SARS-CoV-2 93 % oziroma 100 % v primerjavi z laboratorijsko določenim testom (LDA) CDC. 11. Abbottov sistem za zaznavanje SARS-CoV-2 temelji na sočasnem kombiniranem zaznavanju genov N in RdRp, saj sta oba gena bolj občutljiva, kar zmanjšuje lažno negativne rezultate12. Študija na Dunaju v Avstriji je prav tako pokazala, da veliki volumni ekstrakcijskega vzorca in volumni eluenta za zaznavanje zmanjšujejo učinke redčenja in povečujejo učinkovitost zaznavanja13. Abbottov popoln test za SARS-CoV-2 je tako mogoče povezati s sistemom za zaznavanje na platformi, ki hkrati zaznava kombinatorične gene, ekstrahira veliko število vzorcev (0,5 ml) in uporabi veliko količino eluenta (40 µl).
Naši rezultati so tudi pokazali, da je bila učinkovitost zaznavanja Daanovega genetskega testa skoraj enaka kot pri CRS. To je skladno s študijo14, izvedeno na Univerzi Anhui v Huainanu na Kitajskem, in s trditvijo proizvajalca o 100-odstotnem pozitivnem ujemanju. Kljub poročilom o doslednih rezultatih je bil en vzorec lažno negativen po ponovnem testiranju istega eluata, vendar je bil pozitiven v testih Abbott SARS-CoV-2 in Sansure Biotech nCoV-2019. To kaže na to, da lahko pride do variabilnosti rezultatov med različnimi vrstami testov. Kljub temu se je v študiji, izvedeni na Kitajskem15, rezultat testa Daan Gene bistveno razlikoval (p < 0,05) v primerjavi z njihovim laboratorijsko opredeljenim referenčnim testom. Kljub temu se je v študiji, izvedeni na Kitajskem15, rezultat testa Daan Gene bistveno razlikoval (p < 0,05) v primerjavi z njihovim laboratorijsko opredeljenim referenčnim testom. Ne manj kot v raziskavi, izvedeni v Kitajski15, se je rezultat analize Daan Gene močno razlikoval (p < 0,05) od njihove laboratorijske etalonalne analize. Vendar pa se je v študiji na Kitajskem15 rezultat analize Daan Gene bistveno razlikoval (p < 0,05) od njihove laboratorijske referenčne analize.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异＂(p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Vendar pa so bili v raziskavi, izvedeni v Kitajski15, rezultati genetskega testa Daan precej odlični (p <0,05) v primerjavi z njegovim talonnim laboratorijskim testom. Vendar pa so se v študiji na Kitajskem15 rezultati Daanovega genetskega testa bistveno razlikovali (p < 0,05) v primerjavi z njegovim referenčnim laboratorijskim testom.To neskladje je lahko posledica občutljivosti referenčnega testa za odkrivanje SARS-CoV-2, za določitev vzroka pa so lahko pomembne nadaljnje študije.
Poleg tega je naša študija ocenila primerjalno učinkovitost testa SARS-CoV-2 BGI s CRS, pri čemer je pokazala odličen pozitivni odstotek ujemanja (PPA = 97,9 %), negativni odstotek ujemanja (NPA = 100 %) in skupni odstotek ujemanja glede na spol (OPA). = 98,8 %). Cohenove vrednosti Kappa so pokazale dobro ujemanje (K = 0,975). Študije na Nizozemskem16 in Kitajskem15 so pokazale dosledne rezultate. Test SARS-CoV-2 BGI je test za odkrivanje enega gena (ORF1a/b) z uporabo 10 µl amplifikacijskega/detekcijskega eluata. Kljub dobremu statističnemu ujemanju z našimi referenčnimi rezultati je analiza zgrešila dva pozitivna vzorca (1,22 %) celotnega vzorca. To ima lahko velike klinične posledice za dinamiko prenosa tako na ravni pacienta kot na ravni skupnosti.
Druga primerjalna analiza, vključena v to študijo, je bil test Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); skupni odstotek ujemanja je bil 96,3 %. Moč ujemanja je bila določena tudi z vrednostjo Cohenove kappe, ki je bila 0,925, kar kaže na popolno ujemanje s CRS. Tudi tukaj so naši rezultati enaki študijam, izvedenim na Central South University v Changsha na Kitajskem in na oddelku za klinični laboratorij ljudske bolnišnice Liuzhou v mestu Liuzhou na Kitajskem17. Čeprav je bila zabeležena zgoraj navedena dobra statistična skladnost, je test hi-kvadrat (MacNemarjev test) pokazal, da se je rezultat testa Sansure Biotech statistično značilno razlikoval v primerjavi s CRS (p < 0,005). Čeprav je bila zabeležena zgoraj navedena dobra statistična skladnost, je test hi-kvadrat (MacNemarjev test) pokazal, da se je rezultat testa Sansure Biotech statistično značilno razlikoval v primerjavi s CRS (p < 0,005). Ne glede na to, da je bilo zagotovljeno navedeno zgoraj dobro statistično skladnost, je merilo hi-kvadrat (merilo Maknemara) pokazalo, da ima rezultat analize Sansure Biotech statistično pomembno razliko v primerjavi s CRS (p < 0,005). Čeprav je bila zabeležena dobra statistična skladnost zgoraj, je test hi-kvadrat (McNemarjev test) pokazal, da se je rezultat testa Sansure Biotech statistično značilno razlikoval v primerjavi s CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（(MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异 (p < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果与 crs 相比 具有 显着 （（(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。))）) Ne glede na to, da je navedeno visoko statistično ustrezno, je merilo hi-kvadrat (merilo Maknemara) pokazalo statistično pomembno razliko (p < 0,005) med analizo Sansure Biotech in CRS. Kljub zgoraj omenjeni dobri statistični skladnosti je test hi-kvadrat (McNemarjev test) pokazal statistično značilno razliko (p < 0,005) med testom Sansure Biotech in CRS.Šest vzorcev (3,66 %) je bilo lažno negativnih v primerjavi s CRS (dodatna tabela 1); to je zelo pomembno, zlasti glede na dinamiko prenosa virusa. Zgornji podatki prav tako podpirajo to nizko stopnjo odkrivanja15.
V tej študiji so bile vrednosti Ct določene za vsak test in ustrezno platformo, pri čemer je bila najnižja povprečna vrednost Ct zabeležena v testu Abbott SARS-CoV-2. Ta rezultat je lahko povezan z Abbottovim sistemom za sočasno kombinirano genetsko testiranje za odkrivanje SARS-CoV-2. Zato je imelo glede na sliko 1 87,6 % rezultatov Abbott SARS-CoV-2 vrednosti Ct pod 20. Le majhno število rezultatov vzorcev (12,4 %) je bilo v območju 20–30. Vrednosti Ct nad 30 niso bile zabeležene. Poleg Abbottove uporabe formata genetskega testiranja panela SARS-CoV-2 je ta rezultat lahko povezan s spodnjo mejo zaznavnosti (32,5 kopij RNA/ml)18, ki je trikrat nižja od spodnje meje podjetja, ki znaša 100 kopij RNA/ml)19.
Ta študija ima nekaj omejitev: prvič, zaradi pomanjkanja virov nimamo standardnih/referenčnih metod [kot so virusna obremenitev ali drugi laboratorijski testi (LDA)]. Drugič, vsi vzorci, uporabljeni v tej študiji, so bili brisi nosno-žrelnega kanala, medtem ko rezultati niso bili uporabni za druge vrste vzorcev, in tretjič, naš vzorec je bil majhen.
V tej študiji so primerjali učinkovitost štirih testov rRT-PCR za SARS-CoV-2 z uporabo vzorcev iz nosno-žrelnega predela. Vsi testi za odkrivanje so imeli skoraj primerljivo učinkovitost, z izjemo testa Sansure Biotech. Poleg tega je bila v testu Sansure Biotech ugotovljena nizka stopnja pozitivnosti v primerjavi s CRS (p < 0,05). Poleg tega je bila v testu Sansure Biotech ugotovljena nizka stopnja pozitivnosti v primerjavi s CRS (p < 0,05). Poleg tega je bil v testu Sansure Biotech ugotovljen nizek odstotek pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05). Poleg tega je test Sansure Biotech pokazal nizek odstotek pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Poleg tega je analiza Sansure Biotech imela nizko raven pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p < 0,05). Poleg tega je imel test Sansure Biotech nižjo stopnjo pozitivnosti v primerjavi s CRS (p < 0,05).Analiza PPA, NPA in splošnega ujemanja, ki jo je izvedla družba Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO), je presegla 93,5 %, pri čemer je bila moč ujemanja Cohen Kappa 0,925. Nazadnje je treba za uporabo v Etiopiji preizkus Sansure Biotech (RUO) dodatno potrditi, razmisliti pa je treba tudi o dodatnih raziskavah za oceno trditev posameznih proizvajalcev.
Primerjalna študija je bila izvedena v štirih zdravstvenih ustanovah v Adis Abebi: bolnišnici Eka Kotebe, centru za zdravljenje Millennium Church, spominski bolnišnici Zewooditu in specialistični bolnišnici za tuberkulozo sv. Petra. Podatki so bili zbrani med 1. in 31. decembrom 2020. Zdravstvene ustanove za to študijo so bile namensko izbrane glede na veliko število primerov in razpoložljivost večjih centrov za zdravljenje v mestu. Podobno so bili instrumenti, vključno z instrumentoma za PCR v realnem času ABI 7500 in Abbott m2000, izbrani v skladu s priporočili proizvajalcev reagentov NAAT, za to študijo pa so bili izbrani štirje kompleti za detekcijo PCR, saj je večina laboratorijev v Etiopiji uporabljala vsaj štiri od njih. Med študijo so bili izvedeni genski test, test Abbott SARS-CoV-2, test Sansure Biotech in test SARS-CoV-2 BGI.
Testiranje na SARS-CoV-2 je bilo izvedeno od 1. do 30. decembra 2020 z uporabo 3 ml virusnega transportnega medija (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kitajska) pri posameznikih, ki so bili pod preiskavo glede COVID-19 in so bili napoteni na EPHI. Vzorce iz nazofarinksa so odvzeli usposobljeni zbiralci vzorcev in jih poslali na EPHI v trojnih pakiranjih. Pred izolacijo nukleinske kisline je vsakemu vzorcu dodeljena edinstvena identifikacijska številka. Ekstrakcija se iz vsakega vzorca izvede takoj po prihodu z ročnimi in avtomatskimi metodami ekstrakcije. Tako je bilo za avtomatsko ekstrakcijo Abbott m2000 iz vsakega vzorca odvzetih 1,3 ml (vključno z 0,8 ml mrtvega volumna in 0,5 ml vhodnega volumna ekstrakcije) vzorca in prepuščeno sistemu za pripravo vzorcev Abbott DNA (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ZDA). ) V celoten postopek (pridobivanje in detekcija) dveh krogov SARS-CoV-2 (EUA) v realnem času je bila vključena serija 96 vzorcev [92 vzorcev, dve kontroli za detekcijo in dve kontroli brez predloge (NTC)]. rudarjenje. Podobno za ročno ekstrakcijo uporabite iste vzorce (za samodejno ekstrakcijo in odkrivanje). Tako je bilo med celotnim postopkom alikvotiranih 140 µl vzorcev in ekstrahiranih z uporabo kompleta QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Nemčija) v serijah po 24 (vključno z 20 vzorci, dvema kontrolnima vzorcema in dvema NTC) v devetih krogih. Ročno ekstrahirani eluati so bili pomnoženi in detektirani z uporabo termičnega ciklerja ABI 7500 z uporabo testa SARS-CoV-2 BGI, testa Daan Gene in testa Sansure Biotech.
Avtomatizirana izolacija in čiščenje virusne RNK SARS-CoV-2 sledi načelu magnetnih kroglic z uporabo reagentov za pripravo vzorcev DNK Abbott. Inaktivacija vzorcev in solubilizacija virusnih delcev se izvede z uporabo detergenta, ki vsebuje gvanidin izotiocianat, za denaturacijo beljakovine in inaktivacijo RNaze. RNK se nato loči od beljakovine z ločevanjem na trdni fazi z uporabo silicijevega dioksida, tj. gvanidinijeva sol in alkalni pH liznega pufra spodbujata vezavo nukleinskih kislin na silicijev dioksid (SiO2). Stopnja izpiranja odstrani preostale beljakovine in ostanke, da nastane bistra raztopina. Transparentna RNK se izolira iz mikrodelcev na osnovi silicijevega dioksida z uporabo magnetnega polja instrumenta20,21. Po drugi strani pa se ročna izolacija in čiščenje RNK izvaja z metodo vrtenja v koloni z uporabo centrifugiranja namesto magnetnega stojala in ločevanja mikrodelcev od eluenta.
Abbottov test zaznavanja SARS-CoV-2 v realnem času (Abbott Molecular, Inc.) je bil izveden v skladu z navodili proizvajalca, ki je od SZO in FDA prejel EUA19,22. V tem protokolu je bila inaktivacija vzorca pred ekstrakcijo izvedena v vodni kopeli pri 56 °C 30 minut. Po inaktivaciji virusa je bila ekstrakcija nukleinske kisline izvedena na instrumentu Abbott m2000 SP iz 0,5 ml VTM z uporabo sistema za pripravo vzorcev DNK Abbott m2000. v skladu z navodili proizvajalca. Amplifikacija in detekcija sta bili izvedeni z instrumentom Abbott m2000 RT-PCR, za gena RdRp in N pa je bila izvedena dvojna detekcija. Za ciljanje in detekcijo notranjih kontrol sta bila uporabljena barvila ROX) in VIC P (lastniško barvilo), kar je omogočilo sočasno detekcijo obeh produktov amplifikacije 19.
Metoda detekcije amplifikacije v tem kompletu temelji na enostopenjski tehnologiji RT-PCR. Geni ORF1a/b in N so bili izbrani kot ohranjena območja s strani podjetja Daan Gene Technology za detekcijo amplifikacije ciljnega območja. Za detekcijo RNK SARS-CoV-2 v vzorcih so bili zasnovani specifični primerji in fluorescentne sonde (sonde gena N, označene s FAM, sonde ORF1a/b, označene z VIC). Končni eluent in glavne mešanice so bile pripravljene tako, da so 20 µl glavne mešanice dodale 5 µl eluenta do končnega volumna 25 µl. Amplifikacija in detekcija sta bili izvedeni hkrati na instrumentu za PCR v realnem času ABI 750024.
Geni ORF1a/b in N so bili zaznani z uporabo kompleta za diagnostiko nukleinskih kislin Sansure Biotech nCoV-2019 (fluorescenčna PCR detekcija). Za vsak ciljni gen pripravite specifične sonde tako, da izberete kanal FAM za regijo ORF1a/b in kanal ROX za gen N. Temu kompletu za analizo dodate eluent in reagente glavne mešanice na naslednji način: pripravite 30 µl reagenta glavne mešanice in 20 µl eluiranega vzorca za detekcijo/amplifikacijo. Za amplifikacijo/detekcijo je bil uporabljen PCR v realnem času ABI 750025.
Test SARS-CoV-2 BGI je fluorescentni komplet za rRT-PCR v realnem času za diagnozo COVID-19. Ciljna regija se nahaja v regiji ORF1a/b genoma SARS-CoV-2, kar je metoda za odkrivanje enega samega gena. Poleg tega je človeški hišni gen β-aktin notranje reguliran ciljni gen. Glavno mešanico pripravimo z mešanjem 20 µl reagenta glavne mešanice in 10 µl ekstrahiranega vzorca RNA v jamični plošči26. Za amplifikacijo in detekcijo je bil uporabljen fluorescentni instrument za kvantitativno PCR v realnem času ABI 7500. Vsa amplifikacija nukleinskih kislin, pogoji izvajanja PCR za vsak test in interpretacija rezultatov so bili izvedeni v skladu z navodili ustreznega proizvajalca (tabela 3).
V tej primerjalni analizi nismo uporabili metode referenčnega standarda za določitev odstotka ujemanja (pozitivno, negativno in splošno) in drugih primerjalnih parametrov za štiri analize. Vsaka primerjava testov je bila opravljena s CRS, v tej študiji je bil CRS določen s pravilom »vsak pozitiven« in rezultat ni bil določen z enim samim testom, temveč smo uporabili vsaj dva ujemajoča se rezultata testov. Poleg tega so v primeru prenosa COVID-19 lažno negativni rezultati nevarnejši od lažno pozitivnih. Zato morata biti za čim natančnejšo oceno »pozitivno« iz rezultata CRS vsaj dva testa pozitivna, kar pomeni, da je verjetno, da vsaj en pozitiven rezultat izhaja iz testa EUA. Tako se od štirih rezultatov testov dva ali več rezultatov testov, ki dajo enak rezultat, šteje za resnično pozitivne ali negativne18,27.
Podatki so bili zbrani z uporabo strukturiranih obrazcev za ekstrakcijo podatkov, vnos in analiza podatkov pa sta bila izvedena z uporabo statistične programske opreme Excel in SPSS različice 23.0 za opisno statistiko. Analizirali so pozitivno, negativno in skupno odstotno ujemanje, za določitev stopnje ujemanja posamezne metode s CRS pa je bil uporabljen Kappa rezultat. Kappa vrednosti so interpretirane na naslednji način: 0,01 do 0,20 za blago ujemanje, 0,21 do 0,40 za splošno ujemanje, 0,41–0,60 za zmerno ujemanje, 0,61–0,80 za veliko ujemanje in 0,81–0,99 za popolno ujemanje28.
Etično dovoljenje je bilo pridobljeno s strani Univerze v Adis Abebi, vse eksperimentalne protokole za to študijo pa je odobril Odbor za znanstveno etiko Etiopskega inštituta za javno zdravje. Referenčna številka etičnega dovoljenja EPHI je EPHI/IRB-279-2020. Vse metode so bile uporabljene v skladu s priporočili in določbami Etiopskih nacionalnih celovitih smernic za zdravljenje COVID-19. Poleg tega je bilo pred sodelovanjem v študiji od vseh udeležencev študije pridobljeno pisno informirano soglasje.
Vsi podatki, pridobljeni ali analizirani v tej študiji, so vključeni v ta objavljeni članek. Podatki, ki podpirajo rezultate te študije, so na voljo pri ustreznem avtorju na razumno zahtevo.
Svetovna zdravstvena organizacija. Priporočila za strategije laboratorijskega testiranja za COVID-19: Začasne smernice, 21. marec 2020, št. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. in Gourgoulianis, KI Pametna diagnoza COVID-19 na urgenci: Vse v praksi. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. in Gourgoulianis, KI Pametna diagnoza COVID-19 na urgenci: Vse v praksi.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. in Gurgulianis, KI Inteligentna diagnoza COVID-19 na urgenci: vse v praksi.Muliou DS, Pantazopoulos I. in Gurgulyanis KI Inteligentna diagnoza COVID-19 na urgencah: celovita integracija v praksi. Strokovnjak Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL in St George, K. Vrednotenje testa COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL in St George, K. Vrednotenje testa COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL in St. George, K. Vrednotenje testa COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL in St. George K. Vrednotenje testa COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
SZO. Laboratorijsko odkrivanje koronavirusne bolezni 2019 (COVID-19) pri ljudeh s sumom na bolezen. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (dostopano 15. avgusta 2020) (SZO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnoza COVID-19: Bolezni in orodja za testiranje. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Ustanovitev Kolegija patologov vzhodne, osrednje in južne Afrike – Regionalna šola za patologijo Bližnjega vzhoda in Južne Afrike. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1–8 (2020).
Etiopski inštitut za javno zdravje, Zvezno ministrstvo za zdravje. Začasna nacionalna strategija in smernice za laboratorijsko diagnostiko COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (dostopano 12. avgusta 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. in Kesselheim, AS Lažno negativni testi za okužbo s SARS-CoV-2: izzivi in posledice. Woloshin, S., Patel, N. in Kesselheim, AS Lažno negativni testi za okužbo s SARS-CoV-2: izzivi in posledice.Voloshin S., Patel N. in Kesselheim AS Lažno negativni testi za okužbe s SARS-CoV-2 in njihove posledice.Voloshin S., Patel N. in Kesselheim AS Lažno negativni testi za provokacijo in vpliv okužbe s SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS in Gourgoulianis, KI Lažno pozitivni in lažno negativni primeri COVID-19: strategije preprečevanja in obvladovanja respiratornih bolezni, cepljenje in nadaljnje perspektive. Mouliou, DS in Gourgoulianis, KI Lažno pozitivni in lažno negativni primeri COVID-19: strategije preprečevanja in obvladovanja respiratornih bolezni, cepljenje in nadaljnje perspektive. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. Ložno pozitivni in hudootresni primeri COVID-19: respiratorna profilaktika in strategije zdravljenja, cepivo in nadaljnje perspektive. Mouliou, DS in Gourgoulianis, KI Lažno pozitivni in lažno negativni primeri COVID-19: strategije preprečevanja in zdravljenja respiratornih bolezni, cepljenje in pot naprej.Muliu, DS in Gurgulianis, KI Lažno pozitivni in lažno negativni primeri COVID-19: strategije za preprečevanje in zdravljenje bolezni dihal, cepljenje in pot naprej. Strokovnjak Reverend Respire. medicina. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. in Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na urgenci: Videti drevo, a izgubiti gozd. Mouliou, DS, Ioannis, P. in Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na urgenci: Videti drevo, a izgubiti gozd.Mouliou, DS, Ioannis, P. in Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na urgenci: Vidiš drevo, izgubiš gozd.Muliou DS, Ioannis P. in Konstantinos G. Diagnoza COVID-19 v urgentnih centrih: premalo gozda za drevesa. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validacija in validacija analitične in klinične učinkovitosti testa Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. in Aflatoonian, B. Primerjava petih nizov začetnih oligonukleotidov iz različnih regij genoma COVID-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalno RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. in Aflatoonian, B. Primerjava petih nizov začetnih oligonukleotidov iz različnih regij genoma COVID-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalno RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. in Aflatunyan, B. Primerjava petih nizov začetnih oligonukleotidov iz različnih regij genoma COVID-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalno RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. in Aflatoonian, B. Primerjava 5 različnih genetskih regij COVID-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalno RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. in Aflatunyan B. Primerjava petih nizov začetnih oligonukleotidov iz različnih regij genoma COVID-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalno RT-PCR.Iran. Časopis za mikrobiologijo. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Predhodni rezultati nacionalnega programa zunanjega ocenjevanja kakovosti za odkrivanje genomskih zaporedij SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analitska ocena učinkovitosti petih kompletov RT-PCR za hud akutni respiratorni sindrom, ki ga povzroča koronavirus 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Vrednotenje sedmih komercialno dostopnih kompletov za odkrivanje RNA SARS-CoV-2 na Kitajskem na podlagi verižne reakcije s polimerazo (PCR) v realnem času. klinična. kemijska. laboratorijska. medicina. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Primerjava sedmih komercialnih diagnostičnih kompletov RT-PCR za COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu in sod. Primerjava diagnostične učinkovitosti dveh kompletov PCR za odkrivanje nukleinskih kislin SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR itd. Primerjalna študija štirih platform za testiranje amplifikacije nukleinskih kislin (NAAT) SARS-CoV-2 je pokazala, da je bila učinkovitost ID NOW znatno poslabšana glede na pacienta in vrsto vzorca. diagnoza. mikrobiologija. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbottova molekula. Abbottova navodila za uporabo pri analizi SARS-CoV-2 v realnem času. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1–12. (Od 10. avgusta 2020) (2020).
Klein, S. et al. Izolacija RNK SARS-CoV-2 z uporabo magnetnih kroglic za hitro odkrivanje v velikem obsegu z RT-qPCR in RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).
Čas objave: 8. dec. 2022
Nastavitve zasebnosti