Učinkovitost štirih testov amplifikacije nukleinske kisline za identifikacijo SARS-CoV-2 v Etiopiji

Hvala za obisk Nature.com. Uporabljate različico brskalnika z omejeno podporo CSS. Za najboljšo izkušnjo priporočamo, da v Internet Explorerju uporabite posodobljen brskalnik (ali onemogočite način združljivosti v Internet Explorerju). Poleg tega za zagotovitev stalne podpore prikazujemo spletno mesto brez stilov in javascripta.
Prikaže vrtiljak treh diapozitivov naenkrat. S prejšnjim in naslednjim gumbom se premikate po treh diapozitivih naenkrat ali pa na koncu uporabite drsnike, da se premikate po treh diapozitivih naenkrat.
Od izbruha koronavirusne bolezni 2019 (COVID-19) so bili po vsem svetu razviti številni preskusi komercialne nukleinske kisline (NAATS) in so postali standardni testi. Čeprav je bilo za laboratorijske diagnostične teste hitro razvito in uporabljeno več testov, uspešnost teh testov ni bila ovrednotena v različnih nastavitvah. Zato je bila ta študija namenjena oceni uspešnosti Abbott SARS-Cov-2, DAAN Gene, BGI in SANSURE biotehničnih testov z uporabo sestavljenega referenčnega standarda (CRS). Študija je bila izvedena na etiopskem inštitutu za javno zdravje (EPHI) od 1. do 30. decembra 2020. 164 Nazofaringealni vzorci smo ekstrahirali z uporabo mini kompleta QiaAmp RNA in sistema za pripravo vzorca Abbott DNA. Od 164 osebkov je bilo 59,1% pozitivnih, 40,9% pa negativnih za CRS. Posebnost biotehnološke biotehnike je bila v primerjavi s CRS znatno nizka (P <0,05). Posebnost biotehnološke biotehnike je bila v primerjavi s CRS znatno nizka (P <0,05). Položnicirьelьe rEзUlьTatы sansure Biotech byle зnayTiTeljni ne -om o sranju s crs (p <0,05). Pozitivni rezultati biotehnološkega biotehika so bili v primerjavi s CRS znatno nižji (P <0,05).与 CRS 相比 ， SANSURE BIOTECH 的阳性率显着较低（ P <0,05）。与 CRS 相比 ， SANSURE BIOTECH 的阳性率显着较低（ P <0,05）。 Je sansure Biotech bыlo зnacite -omnorшe polološki lElь ыхulь; Sansure Biotech je imel v primerjavi s CRS bistveno manj pozitivnih rezultatov (p <0,05).Skupni dogovor štirih analiz je bil 96,3–100% v primerjavi s CRS. Poleg nizke stopnje pozitivnosti sansure biotehničnega testa je bila uspešnost štirih testov skoraj primerljiva. Kot tak je test sansure Biotech [samo raziskave (RUO)] potrebna dodatna potrjevalna za njegovo uporabo v Etiopiji. Končno je treba upoštevati dodatne raziskave za oceno testov z ustreznimi trditvami proizvajalca.
Laboratorijsko testiranje je del strateškega načrta Svetovne zdravstvene organizacije (WHO) za koronavirusno bolezen 2019 (COVID-19) pripravljenost in odziv (SPRP). WHO svetuje, da morajo države zgraditi laboratorijske sposobnosti, da izboljšajo pripravljenost, pravilno upravljanje primerov, budnost in hiter odziv na javnozdravstvene izzive. To kaže, da je vloga laboratorija ključna za karakterizacijo bolezni in epidemiologije nastajajočih nalezljivih povzročiteljev in nadzorovanje njihovega širjenja.
Diagnoza Covid-19 zahteva epidemiološke in medicinske informacije, osebne simptome/znake ter radiografske in laboratorijske podatke2. Ker so v Wuhanu na Kitajskem poročali o izbruhu Covid-19, so bili po vsem svetu razviti številni testi za amplifikacijo komercialnih nukleinskih kislin (NAATS). V realnem času verižna reakcija polimeraze v realnem času (RRT-PCR) je bila uporabljena kot rutinska in standardna metoda za laboratorijsko diagnozo hudega akutnega respiratornega sindroma 2 (SARS-CoV-2) 3 okužbe. Molekularno odkrivanje SARS-CoV-2 običajno temelji na genu N (nukleokapsid proteina), E (ovojnica proteina) in RDRP (RNA-odvisni RNA polimerazni gen) v ORF1A/B (odprti odčitni okvir 1A/B) . gensko) regijo, identificirano iz virusnega genoma. Šteje se, da so glavne ohranjene regije, ki jih najdemo v virusnih genomih za prepoznavanje virusa4. Med temi geni imata gena RDRP in E visoko analitično občutljivost za odkrivanje, n gen pa nizko analitično občutljivost5.
Učinkovitost PCR testov se lahko razlikuje glede na različne dejavnike, kot so: ekstrakcijski reagenti, amplifikacijski/zaznavni reagenti, metoda ekstrakcije, kakovost PCR stroja in drugih instrumentov. Od aprila 2020 je več kot 48 različnih diagnostičnih naprav iz devetih držav prejelo dovoljenje za nujne primere (EUA) za diagnostiko Covid-196. V Etiopiji se za odkrivanje PCR SARS-CoV-2 uporablja več kot 14 platform PCR v realnem času na 26 javnih zdravstvenih ustanovah, vključno z ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 in Quant-Studio7. Poleg tega so na voljo različni testni kompleti PCR, kot so DAAN Gene Test, Abbott Sars-Cov-2 test, SANSURE BIOTECH test in SARS-Cov-2 BGI test. Čeprav je RRT-PCR zelo občutljiv, nekateri bolniki s COVID-19 poročajo o lažnih negativnih rezultatih zaradi nezadostnih kopij virusne ribonukleinske kisline (RNA) v vzorcih zaradi nepravilnega zbiranja, prevoza, skladiščenja in ravnanja ter laboratorijskega testiranja. pogoji in dejanja osebja8. Poleg tega lahko nastavitev vzorca ali kontrole, nastavitev praga cikla (CT) in navzkrižna reaktivnost z drugimi patogenimi nukleinskimi kislinami ali neaktivnimi/preostalimi RNA SARS-CoV-2 lahko privedejo do lažnih pozitivnih rezultatov v testih RRT-PCR9. Tako je jasno, da lahko PCR testi resnično prepoznajo nosilce fragmentov genov, saj sploh ne morejo razlikovati med resnično aktivnimi virusnimi geni, zato lahko testi identificirajo samo nosilce in ne pacientov10. Zato je pomembno oceniti diagnostično uspešnost z uporabo standardnih metod v naši nastavitvi. Čeprav je veliko reagentov NAAT na voljo na etiopskem inštitutu za javno zdravje (EPHI) in po vsej državi, še ni poročalo o primerjalni oceni njihove učinkovitosti. Zato je bila ta študija namenjena oceni primerjalne uspešnosti komercialno dostopnih kompletov za odkrivanje SARS-CoV-2 z RRT-PCR z uporabo kliničnih vzorcev.
V to študijo je bilo vključenih skupno 164 udeležencev s sumom na Covid-19. Večina vzorcev je bila iz centrov za zdravljenje (118/164 = 72%), preostalih 46 (28%) pa iz centrov za zdravljenje. Med udeleženci, ki se niso zdravili v centru, je imelo 15 (9,1%) klinično sumljivo primere, 31 (18,9%) pa stikov s potrjenimi primeri. Devetinštirideset (56,7%) udeležencev je bilo moških, povprečna (± SD) starost udeležencev pa je bila 31,10 (± 11,82) let.
V tej študiji so bile določene pozitivne in negativne stopnje štirih testov za Covid-19. Tako so bile pozitivne stopnje Abbott Sars-Cov-2 testa, Daan Gene 2019-NCOV testa, SARS-Cov-2 BGI testa in Sansure Biotech 2019-NCOV so bile 59,1%, 58,5%, 57,9% in 55,5% . Ocene pozitivnega in negativnega sestavljenega referenčnega standarda (CRS) so bile 97 (59,1%) oziroma 67 (40,9%) (tabela 1). V tej študiji je opredelitev CRS temeljila na pravilu "kakršnega koli pozitivnega", pri čemer sta od štirih rezultatov testov dva ali več rezultatov testov, ki sta dala enak rezultat, ocenila kot resnična ali negativna.
V tej raziskavi smo ugotovili negativni odstotni sporazum (NPA) v višini 100% (95% CI 94,6–100) za vse analize v primerjavi s CRS. Analiza biotehnologije sansure je pokazala minimalno PPA 93,8% (95% CI 87,2-97,1) in analiza DAAN Gene 2019-NCOV sta imela skupno dogovor 99,4% (95% CI 96,6-99,9). V nasprotju s tem je bil splošni dogovor med testom SARS-Cov-2 BGI in testom SANSURE Biotech 2019-NCOV 98,8% oziroma 96,3% (tabela 2).
Cohenov kappa koeficient dogovora med CRS in Abbott SARS-Cov-2 testiranimi rezultati je bil popolnoma dosleden (k = 1,00). Podobno so Cohenove vrednosti Kappa, ki so jih odkrili DAAN Gene 2019-NCOV, SARS-CoV-2 BGI in SANSURE Biotech 2019-NCOV, tudi v celoti skladne s CR (K ≥ 0,925). V tej primerjalni analizi je hi-kvadratni test (McNemarjev test) pokazal, da so se rezultati testov Sansure Biotech 2019-NCOV bistveno razlikovali od rezultatov CRS (P = 0,031) (tabela 2).
Kot je prikazano na sliki.1 Odstotek najnižje vrednosti CT (<20 CT) Abbott SARS-Cov-2 testa (kombinirani RDRP in N gena) je bil 87,6%, GEN CT ORF1A/B V vrednosti sansure Biotech 2019-NCOV pa je pokazal, da odstotek nizkega nizkega Vrednost CT (<20 CT) je bila 50,3%, visoka CT vrednost (36–40 CT) pa 3,2%. 1 Odstotek najnižje vrednosti CT (<20 CT) Abbott SARS-Cov-2 testa (kombinirani RDRP in N gena) je bil 87,6%, GEN CT ORF1A/B V vrednosti sansure Biotech 2019-NCOV pa je pokazal, da odstotek nizkega nizkega Vrednost CT (<20 CT) je bila 50,3%, visoka CT vrednost (36–40 CT) pa 3,2%.Kot je prikazano na sliki.1, porsont onemnegego зnaчenie ct (<20 ct) Analiзa Abbott Sars-Cov-2 (Kombinirova Orf1a/b analiзa sansure Biotech 2019-ncov pfokalo чto чToproцeNt neзkogo зnah Ct (<20 ct) 50,3%, ыr) sostsallo 3,2%. 1, odstotek najnižje vrednosti CT (<20 CT) analize Abbott SARS-CoV-2 (kombinirani gen RDRP in N) je bil 87,6%, vrednost CT gena ORF1A/B pa je pokazala analizo sansure Biotech 2019-NCOV da je odstotek nizke CT vrednosti (<20 CT) predstavljal 50,3%in visoka vrednost CT (36–40 CT) 3,2%.如图 1 所示 ， ABBOTT SARS-COV-2 检测（结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比（ <20 CT） 为 87,6%， SANSURE BIOTECH 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 ct 值 (36–40 ct) 的百分比为 3,2%。 Kot je prikazano na sliki 1, je najnižji odstotek vrednosti CT (<20 ct) Abbott SARS-Cov-2 testa (kombinacija RDRP in N gena) 87,6%, vrednost gena ORF1A/B gena CT za sansure Biotech 2019-NCOV testa Prikaže nizki CT 值 (<20 ct) 的 odstotek je 50,3%, 高 ct 值 (36–40 ct) 的 odstotek je 3,2%. Rkak onarinke 1, Anana Abbott Sars-Cov-2 (SoчeTacyй GdRp jdrp-n), Ra 87,6%, in зnaчenie ct gnena orf1a/b v jsilevanijsko sansure biotech 2019- analiз ncov-ol-al ngOkAз Ct. Kot je prikazano na sliki 1, je imel Abbott SARS-Cov-2 test (kombiniranje genov RDRP in N) najnižjo vrednost CT (<20 CT) pri 87,6%, medtem ko je CT vrednost gena ORF1A/B v sansureu Biotech 2019 Študija - Analiza NCOV je pokazala nizko CT. ProцeNT зnaчeniй (<20 ct) sostra 50,3%, apro -ыsokiх зnayй ct (36–40 ct). Odstotek vrednosti (<20 CT) je bil 50,3%, odstotek visokih CT vrednosti (36–40 CT) pa 3,2%.Abbott SARS-Cov-2 B test je zabeležil CT vrednosti nad 30. Po drugi strani pa je bil na genu BGI SARS-CoV-2 ORF1A/B visoka vrednost CT (> 36 ct) 4% (slika 1). Po drugi strani pa je bil na genu BGI SARS-CoV-2 ORF1A/B visoka vrednost CT (> 36 ct) 4% (slika 1). С DRUGOй STORONы, VANALYE BGI SARS-COV-2 GEN ORF1A/BIMEL VOZILO зnaчnaчnay Ct (> 36 Ct), proц%. Po drugi strani je imel pri analizi BGI SARS-Cov-2 gena ORF1A/B visoko vrednost CT (> 36 ct), od katerih je bil odstotek 4% (slika 1).另一方面 ， 在 在 BGI SARS-CoV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 ct） 的百分比为 4%（图 1）。 Po drugi strani pa je pri odkrivanju BGI SARS-CoV-2 odstotek gena ORF1A/B z visoko vrednostjo CT (> 36 ct) 4% (slika 1). С DRUGOй STORONы, VANALYE BGI SARS-COV-2 PROцENT GREVER ORF1A/B SSOKIMIMIMIMIMI CT (> 36 CT). Po drugi strani je bil v analizi BGI SARS-CoV-2 odstotek genov ORF1A/B z visokimi vrednostmi CT (> 36 ct) 4% (slika 1).
V tej raziskavi smo vzeli 164 vzorcev nazofaringeala. Za vse vrste testov smo izvedli izolacijo in amplifikacijo RNA po metodah in kompletih, ki jih priporočajo ustrezni proizvajalci.
Ta študija je pokazala, da ima Abbott-ov test za SARS-CoV-2 enako uspešnost odkrivanja kot CRS, s 100% pozitivnim, negativnim in splošno skladnostjo. Cohenov sporazum o Kappa je 1,00, kar kaže na celoten dogovor s CRS. Podobna študija Univerze v Washingtonu v ZDA je pokazala, da je bila skupna občutljivost in specifičnost Abbottovega testa za SARS-CoV-2 93% oziroma 100% v primerjavi z laboratorijsko določenim testom (LDA) CDC . 11. Sistem zaznavanja Abbott SARS-Cov-2 temelji na hkratnem kombiniranem odkrivanju genov N in RDRP, saj sta oba gena bolj občutljiva, kar zmanjšuje lažne negative12. Študija na Dunaju v Avstriji je tudi pokazala, da so veliki količini ekstrakcijskega vzorca in količine odkrivanja zmanjšali zmanjšanje učinkov redčenja in povečano učinkovitost odkrivanja13. Tako je Abbottova popolna ujemanje za test SARS-Cov-2 lahko povezana s sistemom za odkrivanje platforme, ki hkrati zazna kombinatorične gene, izvleče veliko število vzorcev (0,5 ml) in porabi veliko količino eluenta (40 µL).
Naši rezultati so tudi pokazali, da je bila zaznavanje genetskega testa DAAN skoraj enaka kot pri CRS. To je skladno s študijo14, ki je bila izvedena na univerzi Anhui v Huainanu na Kitajskem, in trditvijo proizvajalca 100 -odstotnega pozitivnega dogovora. Kljub poročilom o doslednih rezultatih je bil en vzorec po ponovnem testiranju istega eluata lažno negativen, vendar je bil pozitiven v testi Abbott Sars-Cov-2 in Sansure Biotech NCOV-2019. To kaže, da lahko pride do spremenljivosti rezultatov v različnih vrstah testov. Kljub temu je bil v študiji, ki je bila izvedena na Kitajskem15, rezultat testa DAAN gena bistveno drugačna (p <0,05) v primerjavi z njihovim laboratorijsko definiranim referenčnim testom. Kljub temu je bil v študiji, ki je bila izvedena na Kitajskem15, rezultat testa DAAN gena bistveno drugačna (p <0,05) v primerjavi z njihovim laboratorijsko definiranim referenčnim testom. Them nemnee, jsydODoni ej, provedom вkitAe15, lEзutAt analic daan gene (0,5) (0,5) (0,5) alaboratornogOgOlonogOgOgOna. Vendar je bil v raziskavi na Kitajskem15 rezultat analize Daan Gene bistveno drugačen (p <0,05) od njihove laboratorijske referenčne analize.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ P <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 ODNAKO SSLEDOVENIHE, PROVEDENOM V KITAE15, REзULьTATы GGENICESCOGOGO (P < sraneniю s ego эtalonNыm lAbOrNornыm thestOm. Vendar pa so bili v raziskavi na Kitajskem15 rezultati DAAN -ovega genetskega testa bistveno drugačni (p <0,05) v primerjavi z njegovim referenčnim laboratorijskim testom.To neskladje je lahko posledica občutljivosti referenčnega testa za odkrivanje SARS-CoV-2, za določitev vzroka pa so lahko pomembne nadaljnje študije.
Poleg tega je naša raziskava ocenila primerjalno uspešnost testa SARS-Cov-2 BGI z CRS, kar je pokazalo odličen pozitivni odstotek (PPA = 97,9%), negativni odstotek dogovora (NPA = 100%) in skupnega odstotnega dogovora s spolom (spol ( OPA). ). = 98,8%). Cohenove vrednosti Kappa so se dobro strinjale (K = 0,975). Študije na Nizozemskem16 in China15 so pokazale dosledne rezultate. SARS-Cov-2 BGI test je en sam genski (ORF1A/B) test zaznavanja z uporabo 10 ul amplifikacije/odkrivanja eluata. Kljub dobremu statističnemu dogovoru z našimi referenčnimi rezultati je analiza zamudila dva pozitivna vzorca (1,22%) celotnega vzorca. To ima lahko ogromne klinične posledice za dinamiko prenosa tako na ravni pacienta kot na skupnosti.
Druga primerjalna analiza, ki je bila vključena v to študijo, je bila sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) test; Skupni odstotek ujemanja je bil 96,3%. Moč soglasja je bila določena tudi z Cohenovo vrednostjo Kappa, ki je bila 0,925, kar kaže na popolno soglasje s CRS. Spet so naši rezultati enaki študijem, ki so jih izvedli na univerzi Central South v Changsha na Kitajskem, in na oddelku za klinično laboratorijsko bolnišnico Liuzhou, mesto Liuzhou, Kitajska17. Čeprav je bila zabeležena zgornja dobra statistična skladnost, je hi-kvadratni test (MacNemar test) pokazal, da je imel rezultat sansure biotehničnega testa statistično pomembno razliko v primerjavi s CR (P <0,005). Čeprav je bila zabeležena zgornja dobra statistična skladnost, je hi-kvadratni test (MacNemar test) pokazal, da je imel rezultat sansure biotehničnega testa statistično pomembno razliko v primerjavi s CR (P <0,005). NesmotRatna to, чTo ыlo зafirOnOnOn-ov, ki bi se sprijaznil (KritEriй MakneMAR), ki se 0,005). Čeprav je bil zabeležen dober statistični sporazum, je hi-kvadratni test (McNemar test) pokazal, da je imel rezultat sansure biotehničnega testa statistično pomembno razliko v primerjavi s CRS (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ Macnemar 检验） 表明 ， SANSURE BIOTECH 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ P <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（ （（ macnemar 检验 表明 ， ， sansure Biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 具有 显着 （（ p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Ne-motRe nammeчerEee хoroee sdati-tysticesco sootve, kityaric scatiostiчeSki зnayimю rAзniцu (P <0,005) MERжDUY ALISOR SANSURE BIOTECHECHY I CRS. Kljub zgoraj navedenemu dobremu statističnemu sporazumu je test hi-kvadrata (McNemar test) pokazal statistično pomembno razliko (p <0,005) med sansure biotehničnim testom in CRS.Za šest vzorcev (3,66%) je bilo v primerjavi z CRS (dodatna tabela 1) lažno negativnosti; To je zelo pomembno, zlasti glede na dinamiko prenosa virusa. Zgornji podatki podpirajo tudi to nizko stopnjo odkrivanja15.
V tej študiji so bile določene vrednosti CT za vsak preskus in ustrezno platformo z najnižjo srednjo vrednostjo CT, opisane v testu Abbott SARS-Cov-2. Ta rezultat je lahko povezan z Abbottovim sočasno kombiniranim sistemom genetskega testiranja za odkrivanje SARS-CoV-2. Zato je v skladu s sliko 1 87,6% rezultatov Abbott SARS-Cov-2 imelo CT vrednosti pod 20. Le majhno število vzorčnih rezultatov (12,4%) je bilo v območju 20-30. CT vrednosti nad 30 niso bile zabeležene. Poleg Abbottove uporabe oblike genetskega testiranja SARS-Cov-2 je lahko ta rezultat povezan z nižjo mejo zaznavanja (32,5 kopije RNA/ml) 18, ki je trikrat nižja od spodnje meje podjetja 100 kopij RNA /ml. ml) 19.
Ta študija ima nekatere omejitve: Prvič, nimamo standardnih/referenčnih metod [na primer virusne obremenitve ali drugih laboratorijskih testov (LDA)] zaradi pomanjkanja virov. Drugič, vsi vzorci, uporabljeni v tej študiji, so bili nazofaringealni brisi, medtem ko rezultati niso bili uporabni za druge vrste vzorcev, tretji pa, velikost našega vzorca pa je bila majhna.
Ta študija je primerjala uspešnost štirih RRT-PCR testov za SARS-CoV-2 z uporabo vzorcev nazofaringeala. Vsi testi za odkrivanje so imeli skoraj primerljive zmogljivosti, razen sansure biotehničnega testa. Poleg tega je bila v testu za biotehniko opredeljena nizka stopnja pozitivnosti v primerjavi s CRS (P <0,05). Poleg tega je bila v testu za biotehniko opredeljena nizka stopnja pozitivnosti v primerjavi s CRS (P <0,05). Kromet togo, v bistvu biotehniko bыl ы jugnen neiзkiй proцeng ološki ыхutiolых lerзuToToToTOTOTOTOTOTOTOTOTOTOT PROTUT. Poleg tega je biotehnični test sansure pokazal nizek odstotek pozitivnih rezultatov v primerjavi s CRS (p <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 ， SANSURE BIOTECH 检测的阳性率较低 (P <0,05)。此外 ， 与 CRS 相比 ， SANSURE BIOTECH 检测的阳性率较低 (P <0,05)。 Kromet, ki ga je, sansure Biotech in alee BILENCIJA й ROVENь PROLEROTIJALY -PREзUTOTOTOTOTOTOTOTOTOV. Poleg tega je imel sansure biotehnični test nižjo stopnjo pozitivnosti v primerjavi s CRS (p <0,05).Analiza biotehnike NCOV-2019 (RUO) SANSURE za PPA, NPA in celotnega sporazuma je presegla 93,5% z močjo Cohen Kappa vrednosti sporazuma 0,925. Nazadnje je treba za uporabo v Etiopiji še dodatno preverjanje biotehničnega testa (RUO), za oceno zahtevkov posameznih proizvajalcev pa je treba upoštevati dodatne raziskave.
Primerjalna zasnova študije je bila izvedena v štirih zdravstvenih ustanovah v Addis Abeba, bolnišnici Eka Kotebe, Centru za zdravljenje Millennium Church, Memorial Hospital Zewooditu in bolnišnici St. Peter's Tuberculosis. Podatki so bili zbrani med 1. in 31. decembrom 2020. Zdravstvene ustanove za to študijo so bile namenoma izbrane na podlagi njihovega velikega števila primerov in razpoložljivosti večjih centrov za zdravljenje v mestu. Podobno so bili izbrani instrumenti, vključno z ABI 7500 in Abbott M2000 v realnem času PCR instrumente, v skladu s priporočili proizvajalcev reagentov NAAT, za to študijo štirje od njih. Genski test, Abbott Sars-Cov-2 test, sansure biotehnični test in SARS-Cov-2 BGI test, opravljen med študijo).
Testiranje na SARS-CoV-2 je bilo izvedeno od 1. do 30. decembra 2020 z uporabo 3 ml virusnega prometnega medija (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kitajska) posameznikov, ki so v preiskavi za Covid-19, omenjeni na Ephi. Nazofaringealne vzorce so zbrali usposobljeni zbiralci vzorcev in poslali v Ephi v trojnih paketih. Pred izolacijo nukleinske kisline je vsak vzorec dodeljen edinstveni identifikacijski številki. Ekstrakcija se izvede iz vsakega vzorca takoj po prihodu z ročnimi in samodejnimi metodami ekstrakcije. Tako smo za samodejno ekstrakcijo Abbott M2000 1,3 ml (vključno z 0,8 ml mrtvega prostornine in 0,5 ml ekstrakcijskega dovoda volumna) vzorca ekstrahirali iz vsakega vzorca in prešli skozi sistem za pripravo vzorca DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, ZDA). ) V celotni postopek (iskanje in odkrivanje) dveh krogov SARS-Cov-2 (EUA) v realnem času je bila vključena serija 96 [92 vzorcev, dva kontrola zaznavanja in dva kontrola, ki niso v predlogi (NTC)]. rudarjenje. Podobno za ročno ekstrakcijo uporabite iste vzorce (za samodejno ekstrakcijo in odkritje). Tako smo v celotnem postopku 140 µL vzorcev alikvotirali in ekstrahirali z uporabo Qiaamp virusnega RNA mini kompleta (Qiagen GmbH, Hilden, Nemčija) v serijah 24 (vključno z 20 vzorci, dvema kontrolami testov in dvema NTC -jem v devetih krogih. Ročno ekstrahirani eluiti smo ojačali in zaznali z uporabo termičnega kolesarja ABI 7500 z uporabo testa SARS-Cov-2 BGI, testom gena DAAN in biotehnega testa.
Avtomatizirana izolacija in čiščenje virusne RNA SARS-CoV-2 sledi načelu magnetne kroglice z uporabo reagentov za pripravo vzorca DNA Abbott. Inaktivacija vzorcev in solubilizacija virusnih delcev se izvaja z detergentom, ki vsebuje gvanidin izotiocianat, da senaturira beljakovine in inaktivacijsko RNazo. RNA se nato loči od beljakovin s trdno fazo ločevanje s silicijevim dioksidom, tj. Gvanidinijeva sol in alkalni pH pufra lize spodbujata vezavo nukleinskih kislin na silicijev dioksid (SiO2). Korak izpiranja odstrani preostale beljakovine in naplavine, da nastane jasno raztopino. Transparent RNA je izolirana iz mikro delcev na osnovi silicijevega dioksida z uporabo magnetnega polja instrumenta20,21. Po drugi strani se ročna izolacija in čiščenje RNA izvaja z metodo spin stolpca z uporabo centrifugiranja namesto magnetnega stojala in ločevanja mikro delcev od eluenta.
Test odkrivanja SARS-Cov-2 v realnem času Abbott (Abbott Molecular, Inc.) je bil izveden v skladu z navodili proizvajalca, ki je prejel EUA19,22 od WHO in FDA. V tem protokolu je bila inaktivacija vzorca pred ekstrakcijo 30 minut v vodni kopeli pri 56 ° C. Po inaktivaciji virusa smo izvedli ekstrakcijo nukleinske kisline na instrumentu Abbott M2000 SP iz 0,5 ml VTM z uporabo sistema za pripravo vzorca DNK Abbott M2000. Po besedah ​​proizvajalca. Amplifikacija in odkrivanje sta bila izvedena z uporabo instrumenta Abbott M2000 RT-PCR, za gene RDRP in N pa je bilo izvedeno dvojno odkrivanje. ROX) in VIC P (lastniško barvilo) za ciljanje in odkrivanje notranjih kontrol, kar omogoča sočasno odkrivanje obeh amplifikacijskih produktov 19.
Metoda odkrivanja amplifikacije tega kompleta temelji na enostopenjski tehnologiji RT-PCR. Gena ORF1A/B in N so bila izbrana kot ohranjena regija s pomočjo DAAN Gene Technology za odkrivanje amplifikacije ciljne regije. Specifični prajmerji in fluorescentne sonde (N genske sonde, označene s FAM, ORF1A/B Sonde, označene z VIC), so bile zasnovane za zaznavanje RNA SARS-CoV-2 v vzorcih. Končne mešanice eluentov in glavnih mest smo pripravili z dodajanjem 5 ul eluenta do 20 ul glavne mešanice v končno prostornino 25 ul. Amplifikacija in zaznavanje sta bila izvedena hkrati na instrumentu PCR v realnem času ABI 750024.
Gene ORF1A/B in N so bili odkriti z uporabo diagnostičnega kompleta NCOV-2019 NCOV-2019 NCOV-2019 (fluorescentno odkrivanje PCR). Pripravite posebne sonde za vsak ciljni gen tako, da izberete kanal FAM za regijo ORF1A/B in ROX kanal za n gen. Na ta komplet za test se dodajo eluent in glavne mešanične reagente na naslednji način: pripravite 30 µl glavni reagent mešanic in za odkrivanje/amplifikacijo 20 µl eluiranega vzorca. PCR ABI 750025 v realnem času je bil uporabljen za ojačanje/odkrivanje.
SARS-Cov-2 BGI test je fluorescentni RRT-PCR komplet za diagnozo CoviD-19 v realnem času. Ciljna regija se nahaja v območju ORF1A/B genoma SARS-CoV-2, ki je metoda odkrivanja genov. Poleg tega je človeški gospodinjski gen β-aktin notranje reguliran ciljni gen. Glavna mešanica pripravimo z mešanjem 20 ul glavnega mešaničnega reagenta in 10 ul ekstrahiranega vzorca RNA v vrtini plošče26. Za amplifikacijo in odkrivanje je bil uporabljen fluorescentni instrument PCR v realnem času ABI 7500. Vsa amplifikacija nukleinske kisline, pogoje PCR za vsak test in interpretacija rezultatov so bili izvedeni v skladu z navodili ustreznega proizvajalca (tabela 3).
V tej primerjalni analizi nismo uporabili referenčne standardne metode za določitev odstotnega dogovora (pozitivnega, negativnega in na splošno) in drugih primerjalnih parametrov za štiri analize. Vsaka testna primerjava je bila izvedena s CRS, v tej študiji je CRS določil pravilo "kakršno koli pozitivno", rezultat pa je bil določen, ne z enim samim testom, uporabili smo vsaj dva ujemanja rezultatov testov. Poleg tega so v primeru prenosa Covid-19 lažni negativni rezultati nevarnejši od lažno pozitivnih rezultatov. Zato je treba iz rezultata CRS reči "pozitivno" čim bolj natančno, naj bi bila vsaj dva testa testa pozitivna, kar pomeni, da bo iz testa EUA verjetno izhajal vsaj en pozitiven rezultat. Tako se od štirih rezultatov preskusov dva ali več rezultatov testov, ki dajeta enak rezultat, štejeta za resnično pozitivno ali negativno18,27.
Podatki so bili zbrani s strukturiranimi obrazci za pridobivanje podatkov, vnos in analiza podatkov so bili izvedeni z uporabo Excel Statistic Software in SPSS različice 23.0 za opisne statistike. Analizirani so bili pozitivni, negativni in skupni odstotni sporazum, za določitev stopnje dogovora vsake metode s CRS pa je bila uporabljena ocena Kappa. Vrednosti kappa se razlagajo na naslednji način: 0,01 do 0,20 za blag dogovor, 0,21 do 0,40 za splošni dogovor, 0,41-0,60 za zmerni dogovor, 0,61-0,80 za večji dogovor in 0,81-0,99 za popoln dogovor28.
Etični očistek je bil pridobljen na Univerzi v Addis Abebi, vsi eksperimentalni protokoli za to študijo pa je odobril odbor za znanstveno etiko Etiopskega inštituta za javno zdravje. Referenčna številka za licenco Ephi Etics je EPHI/IRB-279-2020. Vse metode so bile uporabljene v skladu s priporočili in določbami etiopskih nacionalnih celovitih smernic za zdravljenje Covid-19. Poleg tega je bilo pred udeležbo v raziskavi pridobljeno pisno informirano soglasje.
Vsi pridobljeni ali analizirani podatki v tej raziskavi so vključeni v ta objavljeni članek. Podatki, ki podpirajo rezultate te študije, so na primerni avtor na voljo na podlagi razumne zahteve.
Svetovna zdravstvena organizacija. Priporočila za strategije laboratorijskega testiranja za COVID-19: Začasna navodila, 21. marec 2020 št. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Covid-19 Smart Diagnoza na urgenci: vse v praksi. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Covid-19 Smart Diagnoza na urgenci: vse v praksi.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. in Gurgulianis, Ki inteligentna diagnoza Covid-19 na urgentnem oddelku: vse v praksi.Muliou DS, Pantazopoulos I. in Gurgulyanis Ki Inteligentna diagnoza Covid-19 v urgentnih oddelkih: integracija od konca do konca v praksi. Strokovna velečasna resnica. zdravilo. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Ocenjevanje id Covid19 Now EUA test. Mitchell, SL & St George, K. Ocenjevanje id Covid19 Now EUA test.Mitchell, SL in St. George, K. Ocenjevanje id Covid19 zdaj EUA test.Mitchell SL in St. George K. Ocenjevanje id Covid19 zdaj EUA test. J. Klinično. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratorijsko odkrivanje koronavirusne bolezni 2019 (COVID-19) pri sumu na človeški bolezni. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (dostopano 15. avgusta 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnoza Covid-19: Orodja za bolezni in testiranje. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Vzpostavitev Visoke šole za patologe iz vzhodne, Srednje in Južne Afrike - Regionalna šola za patologijo Bližnjega vzhoda in Južne Afrike. Afrika. J. Lab. zdravilo. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopski inštitut za javno zdravje, Zvezno ministrstvo za zdravje. Začasna nacionalna strategija in napotke za laboratorijsko diagnozo Covid-19. https://ephi.gov.et/images/Novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (dostopano 12. avgusta 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kot lažni negativni testi za izzive in posledice okužbe SARS-Cov-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kot lažni negativni testi za izzive in posledice okužbe SARS-Cov-2.Voloshin S., Patel N. in Kesselheim kot lažno negativne teste za okužbe SARS-Cov-2 in njihove posledice.Voloshin S., Patel N. in Kesselheim kot lažno negativne teste za provokacijo in vpliv okužbe SARS-Cov-2. N. Eng. J. Medicina. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Lažno pozitivni in lažno negativni primeri Covid-19: strategije preprečevanja in upravljanja dihal, cepljenje in nadaljnje perspektive. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Lažno pozitivni in lažno negativni primeri Covid-19: strategije preprečevanja in upravljanja dihal, cepljenje in nadaljnje perspektive. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki oloжnopološki вakyina -e lElьnersErE perspectivы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False pozitivni in lažno negativni primeri Covid-19: strategije preprečevanja dihal in zdravljenja, cepljenje in pot naprej.Muliu, DS in Gurgulianis, Ki Lažno pozitivni in lažno negativni primeri Covid-19: Strategije za preprečevanje in zdravljenje dihal, cepljenje in pot naprej. Strokovna velečasna resnica. zdravilo. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnoza na urgentnem oddelku: ogled drevesa, vendar izgubi gozd. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnoza na urgentnem oddelku: ogled drevesa, vendar izgubi gozd.Mouliou, DS, Ioannis, P. in Konstantinos, G. Covid-19 diagnoza na urgentnem oddelku: glej drevo, izgubi gozd.Muliou DS, Ioannis P. in Konstantinos G. Covid-19 diagnoza v urgentnih sobah: premalo gozda za drevesa. Pojavi se. zdravilo. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validacija in potrjevanje analitične in klinične uspešnosti Abbott RealTime SARS-Cov-2. J. Klinično. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Benestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Primerjajte pet nizov temeljnih premazov iz različnih genome regije Covid-19 za odkrivanje okužbe z virusom z običajnim RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Beyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Primerjava petih nizov temeljnih premazov iz različnih genomskih regij Covid-19 za odkrivanje okužbe z virusom s konvencionalnim RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Benestanaki, D., Fazlalipour, M. in Aflatunyan, B. Primerjava petih sklopov prajmov iz različnih regij genoma Covid-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalnim RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Benestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 COVID-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Benestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Primerjava 5 različnih genetskih regij Covid-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalnim RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Beyestanaki D, Fazlalipour M. in Aflatunyan B. Primerjava petih sklopov prajmov iz različnih regij genoma Covid-19 za odkrivanje virusne okužbe s konvencionalnim RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologija. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Predhodni rezultati nacionalnega programa za oceno zunanje kakovosti za odkrivanje sekvenc genoma SARS-CoV-2. J. Klinično. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analitična ocena učinkovitosti petih kompletov RT-PCR za hud akutni dihalni sindrom Coronavirus 2. J. Clinical. laboratorij. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Vrednotenje sedmih komercialno dostopnih kompletov za odkrivanje RNA SARS-CoV-2 na Kitajskem na podlagi verižne reakcije polimeraze v realnem času (PCR). klinično. Kemična. laboratorij. zdravilo. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Primerjava sedmih komercialnih RT-PCR COVID-19 diagnostičnih kompletov. J. Klinično. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu in sod. Primerjava diagnostičnih zmogljivosti dveh kompletov PCR za odkrivanje nukleinskih kislin SARS-CoV-2. J. Klinično. laboratorij. anus. 34 (10), E23554 (2020).
LeFART, PR itd. Primerjalna študija štirih platform za amplifikacijo nukleinske kisline SARS-CoV-2 (NAAT) je pokazala, da je zdaj uspešnost ID-ja znatno razgrajena glede na vrsto pacienta in vzorca. diagnoza. mikrobiologija. Okužba. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molecule. Abbott v realnem času SARS-Cov-2 analize paketa vstavite. https://www.molecular.abbott/us/sl/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Od 10. avgusta 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA izolacija z magnetnimi kroglicami za hitro obsežno odkrivanje z RT-QPCR in RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).